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- PDB-1qnv: yeast 5-aminolaevulinic acid dehydratase Lead (Pb) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qnv
タイトルyeast 5-aminolaevulinic acid dehydratase Lead (Pb) complex
要素5-AMINOLAEVULINIC ACID DEHYDRATASE
キーワードDEHYDRATASE / ALDOLASE / TIM BARREL / TETRAPYRROLE SYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


Heme biosynthesis / porphobilinogen synthase / porphobilinogen synthase activity / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / heme biosynthetic process / Neutrophil degranulation / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Delta-aminolevulinic acid dehydratase / Delta-aminolevulinic acid dehydratase, active site / Delta-aminolevulinic acid dehydratase / Delta-aminolevulinic acid dehydratase active site. / Delta-aminolevulinic acid dehydratase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LEAD (II) ION / Delta-aminolevulinic acid dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Erskine, P.T. / Senior, N.M. / Warren, M.J. / Wood, S.P. / Cooper, J.B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: MAD Analyses of Yeast 5-Aminolaevulinic Acid Dehydratase. Their Use in Structure Determination and in Defining the Metal Binding Sites
著者: Erskine, P.T. / Duke, E.M.H. / Tickle, I.J. / Senior, N.M. / Warren, M.J. / Cooper, J.B.
履歴
登録1999年10月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2000年10月19日ID: 1QMK
改定 1.02000年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月22日Group: Data collection / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_proc / pdbx_database_status / refine
Item: _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-AMINOLAEVULINIC ACID DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2003
ポリマ－37,7851
非ポリマー4142
水6,666370
1
A: 5-AMINOLAEVULINIC ACID DEHYDRATASE
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)305,59624
ポリマ－302,2818
非ポリマー3,31516
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)102.400, 102.400, 170.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 5-AMINOLAEVULINIC ACID DEHYDRATASE / ALAD / PORPHOBILINOGEN SYNTHASE


分子量: 37785.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PB ACETATE CO-CRYSTAL / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / プラスミド: PNS1 / 株: NS1(JM109/PNS1) / 参照: UniProt: P05373, porphobilinogen synthase
#2: 化合物 ChemComp-PB / LEAD (II) ION


分子量: 207.200 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pb
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化pH: 8
詳細: AS FOR PDB ENTRY 1AW5 WITH 1MM LEAD ACETATE, pH 8.00
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.875
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.875 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→14.6 Å / Num. obs: 14956 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 51.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.243 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 37.6
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 37.6 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
CCP4精密化
MOSFLMデータ削減
Agrovataデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AW5

1aw5


解像度: 2.5→14.6 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.379 644 5 %RANDOM
Rwork0.252 ---
obs-13008 93 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30.2 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 14.6 Å / Luzzati sigma a obs: 0.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→14.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2546 0 2 370 2918
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.011
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.01
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.026
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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