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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qnc | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the A(-31) Adenovirus major late promoter TATA box variant bound to wild-type TBP (Arabidopsis thaliana TBP isoform 2). TATA element recognition by the TATA box-binding protein has been conserved throughout evolution. | ||||||
要素 |
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キーワード | TATA BOX-BINDING PROTEIN (TBP) / ADENOVIRUS MAJOR LATE PROMOTER (ADMLP) TATA BOX / TBP-TATA ELEMENT COMPLEXES / A (- 31) TATA BOX VARIANT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Patikoglou, G.A. / Kim, J.L. / Sun, L. / Yang, S.-H. / Kodadek, T. / Burley, S.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Genes Dev. / 年: 1999 タイトル: TATA Element Recognition by the TATA Box-Binding Protein Has Been Conserved Throughout Evolution 著者: Patikoglou, G.A. / Kim, J.L. / Sun, L. / Yang, S.-H. / Kodadek, T. / Burley, S.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qnc.cif.gz | 122.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qnc.ent.gz | 91.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qnc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1qnc_validation.pdf.gz | 401.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1qnc_full_validation.pdf.gz | 415.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1qnc_validation.xml.gz | 11.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1qnc_validation.cif.gz | 18.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/1qnc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/1qnc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.99999, 0.00172, -0.00289), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22400.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P28147 #2: DNA鎖 | 分子量: 4346.870 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #3: DNA鎖 | 分子量: 4212.737 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | DNA MOLECULES BOUND WITHIN THE SERIES CHAIN C, E CHAIN D, F 1QN3 GCTATAAACGGGCA TGCCCGTTTATAGC 1QN4 ...DNA MOLECULES BOUND WITHIN THE SERIES CHAIN C, E CHAIN D, F 1QN3 GCTATAAACG | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.48 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: pH 6.00 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 5.9 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.92 |
検出器 | 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.29→15 Å / Num. obs: 30957 / % possible obs: 90.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Rsym value: 0.057 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.053 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: TBP-TATA ELEMENT 解像度: 2.3→6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→6 Å
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拘束条件 |
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