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- PDB-1qn8: Crystal structure of the T(-28) Adenovirus major late promoter TA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qn8
タイトルCrystal structure of the T(-28) Adenovirus major late promoter TATA box variant bound to wild-type TBP (Arabidopsis thaliana TBP isoform 2). TATA element recognition by the TATA box-binding protein has been conserved throughout evolution.
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*C)-3')
  • TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID-1
キーワードTATA BOX-BINDING PROTEIN (TBP) / ADENOVIRUS MAJOR LATE PROMOTER (ADMLP) TATA BOX / TBP-TATA ELEMENT COMPLEXES / T (- 28) TATA BOX VARIANT
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / DNA-templated transcription initiation / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
TATA-Binding Protein / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-Binding Protein / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / TBP domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / TATA-box-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Patikoglou, G.A. / Kim, J.L. / Sun, L. / Yang, S.-H. / Kodadek, T. / Burley, S.K.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 1999
タイトル: TATA Element Recognition by the TATA Box-Binding Protein Has Been Conserved Throughout Evolution
著者: Patikoglou, G.A. / Kim, J.L. / Sun, L. / Yang, S.-H. / Kodadek, T. / Burley, S.K.
履歴
登録1999年10月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID-1
B: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID-1
C: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9206
ポリマ－61,9206
非ポリマー00
水6,287349
1
A: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID-1
C: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9603
ポリマ－30,9603
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4870 Å2
ΔGint-9.6 kcal/mol
Surface area14840 Å2
手法PQS
2
B: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID-1
E: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9603
ポリマ－30,9603
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4810 Å2
ΔGint-9.8 kcal/mol
Surface area15340 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)41.800, 146.700, 57.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.99999, 0.00172, -0.00289), (0.00176, -0.99989, 0.01462), (-0.00287, -0.01463, -0.99989)
ベクター: 8.99841, -88.3204, 217.52924)

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要素

#1: タンパク質 TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID-1 / TATA-BOX FACTOR 1 / TATA SEQUENCE-BINDING PROTEIN 1 / TBP1


分子量: 22400.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P28147
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*A)-3')


分子量: 4328.841 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*C)-3')


分子量: 4230.765 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細DNA MOLECULES BOUND WITHIN THE SERIES CHAIN C, E CHAIN D, F 1QN3 GCTATAAACGGGCA TGCCCGTTTATAGC 1QN4 ...DNA MOLECULES BOUND WITHIN THE SERIES CHAIN C, E CHAIN D, F 1QN3 GCTATAAACGGGCA TGCCCGTTTATAGC 1QN4 GCTATAAAATGGCA TGCCATTTTATAGC 1QN5 GCTATAAGAGGGCA TGCCCTCTTATAGC 1QN6 GCTATAATAGGGCA TGCCCTATTATAGC 1QN7 GCTATATAAGGGCA TGCCCTTATATAGC 1QN8 GCTATTAAAGGGCA TGCCCTTTAATAGC 1QN9 GCTACAAAAGGGCA TGCCCTTTTGTAGC 1QNA GCTTTAAAAGGGCA TGCCCTTTTAAAGC 1QNB GCTATAAATGGGCA TGCCCATTTATAGC 1QNC GCAATAAAAGGGCA TGCCCTTTTATTGC 1QNE GCTATAAAAGGGCA TGCCCTTTTATAGC

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.72 %
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6.00
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 5.9 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.5 mMcomplex1drop
240 mMMES1drop
360 mM1dropor 100 mMKCl
414 %(v/v)glycerol1drop
54 mM1dropMgCl2
6300 mMammonium acetate1drop
710 mMdithiothreitol1drop
812 %(v/v)glycerol1reservoir
925 mMMES1reservoir
1010 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.92
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→15 Å / Num. obs: 40252 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.045
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.045

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.1→6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 3284 10 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.194 36307 97 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2916 1134 0 349 4399
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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