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万見
- PDB-1qms: Head-to-Tail Dimer of Calicheamicin gamma-1-I Oligosaccharide Bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qms
タイトルHead-to-Tail Dimer of Calicheamicin gamma-1-I Oligosaccharide Bound to DNA Duplex, NMR, 9 Structures
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*AP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*TP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*AP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*TP*GP*C)-3')
キーワードDNA / DEOXYRIBONUCLEIC ACID/CALICHEAMICIN / CALICHEAMICIN / HEAD-TO-TAIL DIMER / MINOR GROOVE BINDING / ANTITUMOR AGENT / LIGAND-DNA COMPLEX / DEOXYRIBONUCLEIC ACID
機能・相同性CALICHEAMICIN GAMMA-1-OLIGOSACCHARIDE / N-BUTANE / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS
データ登録者Bifulco, G. / Galeone, A. / Nicolaou, K.C. / Chazin, W.J. / Gomez-Paloma, L.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1998
タイトル: Solution Structure of the Complex between the Head-to-Tail Dimer of Calicheamicin Gamma-1-I Oligosaccharide and a DNA Duplex Containing D(ACCT) and D(TCCT) High-Affinity Binding Sites
著者: Bifulco, G. / Galeone, A. / Nicolaou, K.C. / Chazin, W.J. / Gomez-Paloma, L.
履歴
登録1999年10月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.01999年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月8日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22013年3月27日Group: Derived calculations / Non-polymer description
改定 1.32018年3月7日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / pdbx_entity_src_syn
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_nmr_software / pdbx_seq_map_depositor_info ...pdbx_nmr_software / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod ..._pdbx_nmr_software.name / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*TP*GP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*TP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3395
ポリマ－7,3272
非ポリマー2,0123
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)9 / 20LOWEST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*AP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*TP*GP*C)-3')


分子量: 3574.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*AP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*TP*GP*C)-3')


分子量: 3752.454 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: COMPLEXED WITH CALICHEAMICIN HEAD-TO-TAIL DIMER / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-CCI / CALICHEAMICIN GAMMA-1-OLIGOSACCHARIDE / 1-O-メチル-2-O-[[(2S,4S,5S)-5-(エチルアミノ)-4-メトキシテトラヒドロ-2H-ピラン]-2-(以下略)


分子量: 976.864 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C38H61IN2O17S
#4: 化合物 ChemComp-NBU / N-BUTANE / ブタン


分子量: 58.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121COSY
131TOCSY
1412Q
151PE-COSY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING HOMONUCLEAR 1H NMR DATA

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試料調製

詳細内容: 5% D2O/95% H2O
試料状態イオン強度: 0.01 M SODIUM PHOSPHATE BUFFER, 0.01 M SODIUM CHLORIDE, O.0001 M EDTA
pH: 7.0 / 圧: 1 atm / 温度: 300 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber4.1PEARLMAN,CASE,CALDWELL,ROSS,CHEATHAM, FERGUSON, SEIBEL,SINGH,WEINER,KOLLMAN精密化
Amber4.1構造決定
精密化手法: RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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