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- PDB-1qmj: CG-16, a homodimeric agglutinin from chicken liver -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qmj
タイトルCG-16, a homodimeric agglutinin from chicken liver
要素BETA-GALACTOSIDE-BINDING LECTIN
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / GALECTIN
機能・相同性
機能・相同性情報


lactose binding / laminin binding / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / 16 kDa beta-galactoside-binding lectin
類似検索 - 構成要素
生物種GALLUS GALLUS (ニワトリ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Varela, P.F. / Solis, D. / Diaz-Maurino, T. / Kaltner, H. / Gabius, H.-J. / Romero, A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: The 2.15 A Crystal Structure of Cg-16, the Developmentally Regulated Homodimeric Chicken Galectin
著者: Varela, P.F. / Solis, D. / Diaz-Maurino, T. / Kaltner, H. / Gabius, H.-J. / Romero, A.
#1: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1976
タイトル: Developmentally Regulated Lectin in Embryonic Chick Muscle and a Myogenic Cell Line
著者: Nowak, T.P. / Haywood, P.L. / Barondes, S.H.
履歴
登録1999年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_biol / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE ANTI-PARALLEL BETA-SHEET STRUCTURE OF EACH MONOMER IS ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE ANTI-PARALLEL BETA-SHEET STRUCTURE OF EACH MONOMER IS EXTENDED AS THE TWO MONOMERS ASSOCIATE TO FORM A DIMER CONTAINING AN EXTENDED BETA-SANDWICH, EACH WITH THE SAME JELLY ROLL TOPOLOGY. STRANDS 1 OF EACH SHEET A1 AND B1 ARE CONNECTED AS ARE STRANS 5 OF EACH SHEET A2 AND B2. THE SHEET IS HOWEVER, PRESENT HERE PER MONOMER ONLY. THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS ALSO BIFURCATED, WITH STRAND 5 OF SHEET A1 (B1) CONNECTED TO STRAND 1 OF SHEET A3 (B3).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-GALACTOSIDE-BINDING LECTIN
B: BETA-GALACTOSIDE-BINDING LECTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6986
ポリマ－29,3852
非ポリマー3134
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-12.3 kcal/mol
Surface area11700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.380, 82.600, 112.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.95636, -0.28284, 0.07327), (-0.27938, 0.81182, -0.51273), (0.08554, -0.51083, -0.85542)
ベクター: 31.39846, 41.13992, 128.37543)

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要素

#1: タンパク質 BETA-GALACTOSIDE-BINDING LECTIN / 16 KD LECTIN / C-16


分子量: 14692.690 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: P23668
#2: 化合物
ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE NUMBERING IS MADE ACCORDING TO THE BOVINE GAL-1 STRUCTURE. THERE IS A GAP BETWEEN RESIDUES ...THE NUMBERING IS MADE ACCORDING TO THE BOVINE GAL-1 STRUCTURE. THERE IS A GAP BETWEEN RESIDUES GLU102 AND VAL104 - MAXIMIZE THE STRUCTURAL ALIGNMENT.
配列の詳細RESIDUES MET1 AND GLU2 ARE NOT MODELLED. NUMBERING IN THE PDB DATA BASE IS MADE ACCORDING TO THE ...RESIDUES MET1 AND GLU2 ARE NOT MODELLED. NUMBERING IN THE PDB DATA BASE IS MADE ACCORDING TO THE GAL-1 BOVINE STRUCTURE. THIS NUMBERING GIVES A GAP BETWEEN RESIDUES 102 AND 104.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED IN HANGING OR SITTING DROPS BY MIXING EQUAL VOLUMES OF THE PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML) AND THE PRECIPITATING BUFFER (2M AMMONIUM SULPHATE, 5% (V/V) ISOPROPANOL AND 1% ...詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED IN HANGING OR SITTING DROPS BY MIXING EQUAL VOLUMES OF THE PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML) AND THE PRECIPITATING BUFFER (2M AMMONIUM SULPHATE, 5% (V/V) ISOPROPANOL AND 1% BETA-MERCAPTO ETHANOL, PH 5.6)
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法
詳細: drop consists of equal volume of protein and precipitant solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
110 mg/mlprotein1drop
25 mMsodium phosphate1drop
30.2 M1dropNaCl
40.1 Mlactose1drop
54 mMbeta-mercaptoethanol1drop
62 Mammonium sulfate1reservoirprecipitant
75 %(v/v)isopropanol1reservoirprecipitant
81 %beta-mercaptoethanol1reservoirprecipitant

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年2月15日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→30 Å / Num. obs: 15244 / % possible obs: 87.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 31.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0307 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.15→2.25 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.0451 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Rsym value: 0.204 / % possible all: 75
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.056
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 75 % / Rmerge(I) obs: 0.204

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SLA

1sla


解像度: 2.15→8 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 1051 7 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.185 15047 87.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2062 0 16 130 2208
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.477
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.127
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.31.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.12
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.22
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.82.5
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.25 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 119 7 %
Rwork0.294 1522 -
obs--65 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAMCSDX.PROTOPHCSD.PRO
X-RAY DIFFRACTION2SEO.PARAMSEO.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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