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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qmi | ||||||
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タイトル | Crystal structure of RNA 3'-terminal phosphate cyclase, an ubiquitous enzyme with unusual topology | ||||||
要素 | RNA 3'-TERMINAL PHOSPHATE CYCLASE | ||||||
キーワード | LIGASE / 2'3'CYCLIC PHOSPHATE RNA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA 3'-terminal-phosphate cyclase (ATP) / RNA-3'-phosphate cyclase activity / RNA processing / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Palm, G.J. / Billy, E. / Filipowicz, W. / Wlodawer, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2000 タイトル: Crystal Structure of RNA 3'-Terminal Phosphate Cyclase, a Ubiquitous Enzyme with Unusual Topology 著者: Palm, G.J. / Billy, E. / Filipowicz, W. / Wlodawer, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qmi.cif.gz | 224.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qmi.ent.gz | 193.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qmi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1qmi_validation.pdf.gz | 469.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1qmi_full_validation.pdf.gz | 544.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1qmi_validation.xml.gz | 54.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1qmi_validation.cif.gz | 74.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/1qmi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/1qmi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37248.703 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: RTCA / プラスミド: PET11D_ECOLI CYCLASE / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): RTCA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) 参照: UniProt: P46849, RNA 3'-terminal-phosphate cyclase (ATP) 配列の詳細 | C-TERMINAL HIS TAG ADDED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.5 詳細: THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 13-15% MPEG2000, 200 MM NA-CITRATE PH 4.0, 200 MM TRIS/HCL PH 8.0, 2 MM DTT. PROTEIN CONCENTRATION WAS CA. 15 MG/ML. | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 105 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.97942 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年1月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97942 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 41596 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 17.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.198 / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / % possible all: 91.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 154068 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91.6 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.01 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 詳細: MODEL WAS NOT FULLY REFINED, THE HIS TAG IN CHAINS A,B,C,D WERE NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY. THE CIS PEPTIDE GLY 232 - PRO 233 COULD ONLY BE MODELLED IN THE FULLY REFINED STRUCTURE 1QMH
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原子変位パラメータ | Biso mean: 38.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS ONLY ON COORDINATES / Rms dev position: 0.48 Å / Weight position: 200 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 8
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