PDB-1qlo: Structure of the active domain of the herpes simplex virus protei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1qlo

タイトル

Structure of the active domain of the herpes simplex virus protein ICP47 in water/sodium dodecyl sulfate solution determined by nuclear magnetic resonance spectroscopy

要素

HERPES SIMPLEX VIRUS PROTEIN ICP47

キーワード

MEMBRANE PROTEINS / HERPES SIMPLEX VIRUS / PROTEIN ICP47

機能・相同性

Herpesvirus ICP47 / Herpesvirus US12 family / symbiont-mediated suppression of host adaptive immune response / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation / host cell cytoplasm / host cell nucleus / ICP47 protein

機能・相同性情報

生物種

HERPES SIMPLEX VIRUS (ヘルペスウイルス)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Pfaender, R. / Neumann, L. / Zweckstetter, M. / Seger, C. / Holak, T.A. / Tampe, R.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: The Structure of the Active Domain of the Herpes Simplex Virus Protein Icp47 in Water/Sodium Dodecyl Sulfate Solution Determined by Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy.
著者: Pfaender, R. / Neumann, L. / Zweckstetter, M. / Seger, C. / Holak, T.A. / Tampe, R.

履歴

登録	1999年9月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	1999年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2020年1月15日	Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1qlo.cif.gz	213.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1qlo.ent.gz	175.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1qlo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1qlo_validation.pdf.gz	366.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1qlo_full_validation.pdf.gz	459.8 KB	表示
XML形式データ	1qlo_validation.xml.gz	20.2 KB	表示
CIF形式データ	1qlo_validation.cif.gz	30.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/1qlo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/1qlo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5hkr-d 2en6-d 5et3-d 5hkn-d 2mp5-d 1gj2-d 2ont-d 2lqt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 4557

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HERPES SIMPLEX VIRUS PROTEIN ICP47

4.02 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	19 / 40	LEAST RESTRAINT VIOLATION ENERGY
代表モデル

#1: タンパク質・ペプチド	HERPES SIMPLEX VIRUS PROTEIN ICP47 / IMMEDIATE-EARLY PROTEIN IE12 / IMMEDIATE-EARLY-5 / VMW12 分子量: 4021.565 Da / 分子数: 1 / 断片: ACTIVE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) HERPES SIMPLEX VIRUS (ヘルペスウイルス) 株: TYPE 1 - STRAIN 17 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P03170

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	TOCSY
1	3	1	COSY

NMR実験の詳細

Text: SEE ARTICLE

-
試料調製

試料状態	pH: 7.4 / 温度: 307 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AMX	Bruker	AMX	500	1
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	2
Bruker DMX	Bruker	DMX	750	3

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.1	BRUNGER	精密化
X-PLOR	3.1		構造決定

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 19

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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