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万見
- PDB-1qlm: The crystal structure of methenyltetrahydromethanopterin cyclohyd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qlm
タイトルThe crystal structure of methenyltetrahydromethanopterin cyclohydrolase from the hyperthermophilic archaeon Methanopyrus kandleri
要素METHENYLTETRAHYDROMETHANOPTERIN CYCLOHYDROLASE
キーワードHYDROLASE / METHANOGENESIS / BIOLOGICAL METHANOGENESIS / TETRAHYDROMETHANOPTERIN
機能・相同性
機能・相同性情報


methenyltetrahydromethanopterin cyclohydrolase / methenyltetrahydromethanopterin cyclohydrolase activity / methanogenesis, from carbon dioxide / one-carbon metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methenyltetrahydromethanopterin Cyclohydrolase; Chain A, domain 1 / Methenyltetrahydromethanopterin Cyclohydrolase; Chain A, domain 1 / Methenyltetrahydromethanopterin Cyclohydrolase; Chain A, domain 2 / Methenyltetrahydromethanopterin Cyclohydrolase; Chain A, domain 2 / Methenyltetrahydromethanopterin cyclohydrolase / Cyclohydrolase (MCH) / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Methenyltetrahydromethanopterin cyclohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種METHANOPYRUS KANDLERI (古細菌)
手法X線回折 / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Grabarse, W.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1999
タイトル: The Crystal Structure of Methenyltetrahydromethano- Pterin Cyclohydrolase from the Hyperthermophilic Archaeon Methanopyrus Kandleri
著者: Grabarse, W. / Vaupel, M. / Vorholt, J.A. / Shima, S. / Thauer, R.K. / Wittershagen, A. / Bourenkov, G. / Bartunik, H.D. / Ermler, U.
履歴
登録1999年9月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.01999年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月14日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32024年5月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: METHENYLTETRAHYDROMETHANOPTERIN CYCLOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3794
ポリマ－34,0941
非ポリマー2853
水3,855214
1
A: METHENYLTETRAHYDROMETHANOPTERIN CYCLOHYDROLASE
ヘテロ分子

A: METHENYLTETRAHYDROMETHANOPTERIN CYCLOHYDROLASE
ヘテロ分子

A: METHENYLTETRAHYDROMETHANOPTERIN CYCLOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,13612
ポリマ－102,2823
非ポリマー8559
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
Buried area7830 Å2
ΔGint-80.6 kcal/mol
Surface area32040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.900, 125.900, 172.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 METHENYLTETRAHYDROMETHANOPTERIN CYCLOHYDROLASE / METHENYL-H4MPT CYCLOHYDROLASE


分子量: 34093.875 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: THREE PHOSPHATE MOLECULES / 由来: (組換発現) METHANOPYRUS KANDLERI (古細菌) / 解説: HETEROLOGOUSLY EXPRESSED IN ESCHERICHIA COLI / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: P94954, methenyltetrahydromethanopterin cyclohydrolase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SER A 315, HETEROLOGOUS EXPRESSION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶溶媒含有率: 76 %
結晶化pH: 4 / 詳細: pH 4.00
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1drop
328 %PEG10001reservoir
430 %glycerol1reservoir
50.1 Msodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: R-AXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 54396 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 15.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2→2.13 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.31 / % possible all: 98.7
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.3精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS0.3位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 2758 5.1 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.198 54396 98.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.1 Å2-2.01 Å20 Å2
2---2.16 Å20 Å2
3---4.33 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2392 0 15 214 2621
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.27
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.731.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.282
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.232
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.982.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 473 5.3 %
Rwork0.253 8371 -
obs--98.7 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.3 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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