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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qlh | ||||||
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タイトル | HORSE LIVER ALCOHOL DEHYDROGENASE COMPLEXED TO NAD DOUBLE MUTANT OF GLY 293 ALA AND PRO 295 THR | ||||||
要素 | ALCOHOL DEHYDROGENASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / DEHYDROGENASE / ALCOHOL / NICOTINAMIDE COENZYME / DOUBLE MUTANT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alcohol dehydrogenase (NAD+) activity, zinc-dependent / : / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / retinol metabolic process / retinoic acid metabolic process / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | EQUUS CABALLUS (ウマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å | ||||||
データ登録者 | Ramaswamy, S. / Plapp, B.V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: Substitutions in the Flexible Loop of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase Hinder the Conformational Change and Unmask Hydrogen Transfer 著者: Ramaswamy, S. / Park, D.H. / Plapp, B.V. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1982 タイトル: Binding of Substrate in a Ternary Complex of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase 著者: Eklund, H. / Plapp, B.V. / Samama, J.P. / Branden, C.I. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1981 タイトル: Structure of a Triclinic Ternary Complex of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase at 2.9 A Resolution 著者: Eklund, H. / Samma, J.P. / Wallen, L. / Branden, C.I. / Akeson, A. / Jones, T.A. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1976 タイトル: Three-Dimensional Structure of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase at 2.4 A Resolution 著者: Eklund, H. / Nordstrom, B. / Zeppezauer, E. / Soderlund, G. / Ohlsson, I. / Boiwe, T. / Soderberg, B.O. / Tapia, O. / Branden, C.I. / Akeson, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qlh.cif.gz | 86.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qlh.ent.gz | 63.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qlh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1qlh_validation.pdf.gz | 711.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1qlh_full_validation.pdf.gz | 715.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1qlh_validation.xml.gz | 16.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1qlh_validation.cif.gz | 22.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/1qlh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/1qlh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39871.289 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) EQUUS CABALLUS (ウマ) / 解説: E.COLI EXPRESSED MUTANT PROTEIN / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 器官: LIVER / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): CJ236 / 参照: UniProt: P00327, alcohol dehydrogenase | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NAD / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | MUTANT PROTEIN SEQUENCE NOT SUBMITTED | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY THE BATCH DIALYSIS METHOD USING MPD AS THE PRECIPITANT AT PH 7.0, 50 MM AMMONIUM N-[TRIS(HYDROXYMETHYL)METHYL]-2 AMINOETHANESULFONATE, WITH 0.66 MM NADH AND 0.76 MM | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 5 ℃ / pH: 7 / 手法: microdialysis | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 1.1 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.07→20 Å / Num. obs: 18016 / % possible obs: 79.2 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 19.31 Å2 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 4.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.07→2.18 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.314 / % possible all: 57.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 44823 / Rmerge(I) obs: 0.112 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 57.4 % / Rmerge(I) obs: 0.301 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1HLD 解像度: 2.07→20 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD ON F'S
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.28 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.07→20 Å
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拘束条件 |
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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