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- PDB-1qky: Solution structure of PI7, a non toxic peptide isolated from the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qky
タイトルSolution structure of PI7, a non toxic peptide isolated from the scorpion Pandinus Imperator.
要素TOXIN 7 FROM PANDINUS IMPERATOR
キーワードNEUROTOXIN
機能・相同性Scorpion short chain toxin, potassium channel inhibitor / Scorpion short toxin, BmKK2 / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / ion channel inhibitor activity / toxin activity / extracellular region / Potassium channel toxin alpha-KTx 6.5
機能・相同性情報
生物種PANDINUS IMPERATOR (サソリ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Delepierre, M. / Prochnicka-Chalufour, A. / Boisbouvier, J. / Possani, L.D.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Pi7, an orphan peptide from the scorpion Pandinus imperator: a 1H-NMR analysis using a nano-NMR Probe.
著者: Delepierre, M. / Prochnicka-Chalufour, A. / Boisbouvier, J. / Possani, L.D.
#1: ジャーナル: Toxicon / 年: 1998
タイトル: Two Similar Peptides from the Venom of the Scorpion Pandinus Imperator, One Highly Effective Blocker and the Other Inactive on K+ Channels
著者: Olamendi-Portugal, T. / Gomez-Lagunas, F. / Gurrola, G.B. / Possani, L.D.
履歴
登録1999年8月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年1月15日Group: Database references / Other / カテゴリ: citation / pdbx_database_status
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _pdbx_database_status.status_code_cs
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TOXIN 7 FROM PANDINUS IMPERATOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,2971
ポリマ－4,2971
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)14 / 200LEAST RESTRAINT VIOLATION, STRUCTURE QUALITY ACCORDING TO PROCHECK
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド TOXIN 7 FROM PANDINUS IMPERATOR / PI7


分子量: 4297.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PANDINUS IMPERATOR (サソリ) / Secretion: VENOM / 参照: UniProt: P58490*PLUS
Has protein modificationY
配列の詳細THE PEPTIDE STUDIED HERE IS RELATED IN SEQUENCE TO THE POTASSIUM CHANNEL BLOCKING TOXINS, HOWEVER ...THE PEPTIDE STUDIED HERE IS RELATED IN SEQUENCE TO THE POTASSIUM CHANNEL BLOCKING TOXINS, HOWEVER THE ALIGNMENT IS ONLY 60 PERCENT FOR THE PEPTIDES: SCKA_PANIM P55927 (47 AA) SCKB_PANIM P55928 (35 AA) SCKG_PANIM Q10726 (35 AA) 1QKY DEAIRCTGTKDCYIPCRYITGCFNSRCINKSCKCYGCT SCKA_PANIM: RGSVDYKDDDDKTISCTNPKQCYPHCKKETGYPNAKCMNRKCKCFGR SCKB_PANIM: TISCTNEKQCYPHCKKETGYPNAKCMNRKCKCFGR SCKG_PANIM LVKCRGTSDCGRPCQQQTGCPNSKCINRMCKCYGC * * * * * *

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: NOESY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE OF THE NATURAL TOXIN EXTRACTED FROM THE SCORPION VENOM WAS DETERMINED BY HOMONUCLEAR NMR AT 500 MHZ FROM NANOMOLE AMOUNT OF COMPOUND.

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試料調製

詳細内容: H2O/D2O
試料状態pH: 3.5 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
OPALLUGINBUHL,GUNTERT,BILLETER,WUTHRICH精密化
DYANA構造決定
OPAL構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURE WAS CALCULATED USING THE PROGRAM DYANA. TWENTY FIVE BEST DYANA CONFORMERS WERE SUBMITTED TO RESTRAINED ENERGY MINIMIZATION IN A SHELL OF 584 WATER MOLECULES USING THE PROGRAM ...詳細: THE STRUCTURE WAS CALCULATED USING THE PROGRAM DYANA. TWENTY FIVE BEST DYANA CONFORMERS WERE SUBMITTED TO RESTRAINED ENERGY MINIMIZATION IN A SHELL OF 584 WATER MOLECULES USING THE PROGRAM OPAL. COORDINATES FOR THE WATER ARE NOT CONTAINED IN THIS ENTRY. FOR FURTHER DETAILS ON THE REFINEMENT SEE THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION, STRUCTURE QUALITY ACCORDING TO PROCHECK
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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