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万見
- PDB-1qkg: DNA DECAMER DUPLEX CONTAINING T-T DEWAR PHOTOPRODUCT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qkg
タイトルDNA DECAMER DUPLEX CONTAINING T-T DEWAR PHOTOPRODUCT
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*(HYD)TP*+TP*AP*CP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*G)-3')
キーワードDNA / DEOXYRIBONUCLEIC ACID / DNA PHOTOPRODUCT / DEWAR PRODUCT / (6-4) ADDUCT / MUTAGENESIS / TRANSLESION REPLICATION
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法溶液NMR / SIMULATED ANNEALING, FULL RELAXATION MATRIX REFINEMENT
Model type detailsMINIMIZED AVERAGE
データ登録者Lee, J.-H. / Bae, S.-H. / Choi, Y.-J. / Choi, B.-S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: The Dewar Photoproduct of Thymidylyl(3'-->5')-Thymidine (Dewar Product) Exhibits Mutagenic Behavior in Accordance with the "A Rule".
著者: Lee, J.-H. / Bae, S.-H. / Choi, B.-S.
履歴
登録1999年7月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年1月15日Group: Derived calculations / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*(HYD)TP*+TP*AP*CP*GP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1102
ポリマ－6,1102
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1890 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area3760 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 8LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*(HYD)TP*+TP*AP*CP*GP*C)-3')


分子量: 3009.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: BOND FORMED BETWEEN C6(T5) AND C4(T6) BOND FORMED BETWEEN N3(T6) AND C6(T6)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*G)-3')


分子量: 3101.028 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
構成要素の詳細MISMATCHED BASE PAIRING OF 3'-T OF DEWAR PRODUCT WITH G RESIDUE

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: NOESY
NMR実験の詳細Text: MEAN STRUCTURE. THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING SA METHOD WITH DISTANCE RESTRAINTS AND FULL RELAXATION MATRIX REFINEMENT WITH NOE INTENSITY RESTRAINTS OF 50, 80, 160 MS MIXING TIMES

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試料調製

詳細内容: 100% D2O, 10% WATER/90% D2O
試料状態pH: 6.6 / 温度: 274.0 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: SIMULATED ANNEALING, FULL RELAXATION MATRIX REFINEMENT
ソフトェア番号: 1
詳細: RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS WITH NMR-DERIVEN DISTANCE RESTRAINTS AND THEN FULL RELAXATION MATRIX REFINEMENT WITH NOE VOLUME ITENSITY RESTRAINTS
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 8 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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