PDB-1qkd: ERABUTOXIN

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1qkd

タイトル

ERABUTOXIN

要素

ERABUTOXIN A

キーワード

NEUROTOXIN (神経毒) / ERABUTOXIN

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity /

toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Laticauda semifasciata (エラブウミヘビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.49 Å

データ登録者

Nastopoulos, V. / Kanellopoulos, P.N. / Tsernoglou, D.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Structure of dimeric and monomeric erabutoxin a refined at 1.5 A resolution.
著者: Nastopoulos, V. / Kanellopoulos, P.N. / Tsernoglou, D.

履歴

登録	1998年1月16日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1999年2月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年8月9日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1qkd.cif.gz	36.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1qkd.ent.gz	28.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1qkd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/1qkd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/1qkd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1qkeC 6ebxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6pnw-d 6ebx-d 3era-d 6awz-1 6ax0-2 4y31-d 4m9w-1 6ax0-1 6xcg-2 2ki3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (3) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (3)

登録構造単位

A: ERABUTOXIN A

B: ERABUTOXIN A

13.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.320, 53.540, 40.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.998, -0.0264, -0.0579), (-0.0635, 0.3626, 0.9298), (-0.0035, 0.9316, -0.3635)
ベクター: 48.3697, -8.311, 14.5737)

#1: タンパク質	ERABUTOXIN A 分子量: 6853.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: JAPANESE SEA SNAKE 由来: (天然) Laticauda semifasciata (エラブウミヘビ) Secretion: VENOM / 参照: UniProt: P60775
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.1 %

結晶化

pH: 7.2 / 詳細: pH 7.2

結晶化

*PLUS

手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID
1	6 mg/ml	protein	1	drop
2	40 %sat	ammonium sulfate	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 295 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.92
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1992年10月1日
放射	単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.49→17.4 Å / Num. obs: 19420 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 25.8 Å² / R_sym value: 0.065 / Net I/σ(I): 29.7
反射シェル	解像度: 1.49→1.6 Å / 冗長度: 14 % / Mean I/σ(I) obs: 5.25 / R_sym value: 0.204 / % possible all: 86
反射	PLUS R_merge(I) obs*: 0.065
反射シェル	PLUS % possible obs: 86 % / R_merge(I) obs*: 0.204

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
TNT	5E	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6EBX

6ebx

解像度: 1.49→17.4 Å / σ(F): 0 / 詳細: X-PLOR WAS ALSO USED /

	R_factor	反射数	%反射
all	0.169	-	-
obs	-	19420	100 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.49→17.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	987	0	0	206	1193

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	2.17
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	18.13
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct	0
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	0.005
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	0.013
X-RAY DIFFRACTION	t_it	7.22
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd	0.04

ソフトウェア

*PLUS

名称: TNT / バージョン: 5EA / 分類: refinement

精密化

*PLUS

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

B_iso mean: 25.8 Å²

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_deg	18.13
X-RAY DIFFRACTION	t_plane_restr	0.013

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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