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- PDB-1qk9: The solution structure of the domain from MeCP2 that binds to met... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qk9
タイトルThe solution structure of the domain from MeCP2 that binds to methylated DNA
要素METHYL-CPG-BINDING PROTEIN 2
キーワードMETHYL-CPG-BINDING PROTEIN / SOLUTION STRUCTURE / METHYLATED DNA / METHYL CYTOSINE / MBD
機能・相同性
機能・相同性情報


Loss of MECP2 binding ability to 5hmC-DNA / trans-synaptic signaling by BDNF / catecholamine secretion / MECP2 regulates transcription of genes involved in GABA signaling / biogenic amine metabolic process / cardiolipin metabolic process / Loss of MECP2 binding ability to 5mC-DNA / nervous system process involved in regulation of systemic arterial blood pressure / proprioception / MECP2 regulates transcription of neuronal ligands ...Loss of MECP2 binding ability to 5hmC-DNA / trans-synaptic signaling by BDNF / catecholamine secretion / MECP2 regulates transcription of genes involved in GABA signaling / biogenic amine metabolic process / cardiolipin metabolic process / Loss of MECP2 binding ability to 5mC-DNA / nervous system process involved in regulation of systemic arterial blood pressure / proprioception / MECP2 regulates transcription of neuronal ligands / negative regulation of smooth muscle cell differentiation / Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / double-stranded methylated DNA binding / Transcriptional Regulation by MECP2 / phosphatidylcholine metabolic process / inositol metabolic process / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / glucocorticoid metabolic process / ventricular system development / respiratory gaseous exchange by respiratory system / positive regulation of microtubule nucleation / genomic imprinting / response to other organism / siRNA binding / neuron maturation / glutamine metabolic process / methyl-CpG binding / MECP2 regulates transcription factors / Loss of phosphorylation of MECP2 at T308 / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / startle response / dendrite development / histone reader activity / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / Regulation of MECP2 expression and activity / positive regulation of glial cell proliferation / social behavior / long-term memory / behavioral fear response / glial cell proliferation / heterochromatin / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / synapse assembly / Notch signaling pathway / sensory perception of pain / negative regulation of angiogenesis / cerebellum development / adult locomotory behavior / excitatory postsynaptic potential / post-embryonic development / promoter-specific chromatin binding / molecular condensate scaffold activity / visual learning / long-term synaptic potentiation / transcription corepressor activity / intracellular protein localization / heterochromatin formation / molecular adaptor activity / gene expression / negative regulation of neuron apoptotic process / nucleic acid binding / response to hypoxia / postsynapse / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / centrosome / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methyl-CpG binding protein MeCP2 / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-CpG binding protein MeCP2/MBD4 / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Methyl-CpG-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Wakefield, R.I.D. / Smith, B.O. / Nan, X. / Free, A. / Soteriou, A. / Uhrin, D. / Bird, A.P. / Barlow, P.N.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: The Solution Structure of the Domain from Mecp2 that Binds to Methylated DNA
著者: Wakefield, R.I.D. / Smith, B.O. / Nan, X. / Free, A. / Soteriou, A. / Uhrin, D. / Bird, A.P. / Barlow, P.N.
#1: ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 1998
タイトル: Identification and Characterisation of a Family of Mammalian Methyl-Cpg Binding Proteins
著者: Hendrich, B. / Bird, A.P.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1998
タイトル: Transcriptional Repression by the Methyl-Cpg Binding Protein Mecp2 Involves a Histone Deacetylase Complex
著者: Nan, X.S. / Ng, H.-H. / Johnson, C.A. / Laherty, C.D. / Turner, B.M. / Eisenmann, R.N. / Bird, A.
#3: ジャーナル: Cancer Surv. / 年: 1996
タイトル: The relationship of DNA methylation to cancer.
著者: Bird, A.P.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Calculation of Protein Structures with Ambiguous Distance Restraints Automated Assignment of Ambiguous Noe Crosspeaks and Disulfide Connectivities
著者: Nilges, M.
#5: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1991
タイトル: DNA Methylation Inhibits Transcription Indirectly Via a Methyl-Cpg Binding Protein
著者: Boyes, J. / Bird, A.P.
#6: ジャーナル: Nature / 年: 1986
タイトル: Cpg-Rich Islands and the Function of DNA Methylation
著者: Bird, A.P.
履歴
登録1999年7月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.01999年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: METHYL-CPG-BINDING PROTEIN 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2621
ポリマ－10,2621
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)28 / 30LOWEST ENERGIES
代表モデルモデル #5

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要素

#1: タンパク質 METHYL-CPG-BINDING PROTEIN 2 / MBD


分子量: 10261.530 Da / 分子数: 1 / 断片: MCPG BINDING DOMAIN OF MECP2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET6HMBD / 細胞内の位置 (発現宿主): INCLUSION BODIES / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P51608

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121COSY
131TOCSY
141HNCA
151HN(CO)CA
161CBCA(CO)NH
171HNCO
181HN(CA)CB
191(H)CCH-TOCSY
1101H(CCO)NH-TOCSY
1111C(CO)NH-TOCSY
112115N-EDITTED HSQC
113113C-EDITTED HSQC
1141HBHA(CO)NH
115115N-EDITTED HSQC-NOESY
116113C-EDITTED HSQC-NOESY

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試料調製

詳細内容: 90% H2O / 10% D2O
試料状態pH: 6 / 温度: 291 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLORBRUNGER精密化
VNMR構造決定
Azara構造決定
ANSIG構造決定
X-PLOR構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: AMBIGUOUS DISTANCE RESTRAINTS WERE USED SEE M.NILGES CITATION
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGIES / 計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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