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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qji | ||||||
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タイトル | Structure of astacin with a transition-state analogue inhibitor | ||||||
要素 | ASTACIN | ||||||
キーワード | HYDROLASE(METALLOPROTEINASE) / ASTACINS / METZINCINS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 astacin / glutamic-type peptidase activity / negative regulation of binding of sperm to zona pellucida / aspartic-type peptidase activity / prevention of polyspermy / cortical granule / positive regulation of protein processing / fertilization / metalloendopeptidase activity / peptidase activity ...astacin / glutamic-type peptidase activity / negative regulation of binding of sperm to zona pellucida / aspartic-type peptidase activity / prevention of polyspermy / cortical granule / positive regulation of protein processing / fertilization / metalloendopeptidase activity / peptidase activity / cell adhesion / proteolysis / zinc ion binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ASTACUS FLUVIATILIS (甲殻類) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å | ||||||
データ登録者 | Grams, F. / Bode, W. / Stocker, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996 タイトル: Structure of Astacin with a Transition-State Analogue Inhibitor 著者: Grams, F. / Dive, V. / Yiotakis, A. / Yiallouros, I. / Vassiliou, S. / Zwilling, R. / Bode, W. / Stocker, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qji.cif.gz | 70.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qji.ent.gz | 52.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qji.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1qji_validation.pdf.gz | 475.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1qji_full_validation.pdf.gz | 477.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1qji_validation.xml.gz | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1qji_validation.cif.gz | 9.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/1qji ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/1qji | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22617.977 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 天然 詳細: IN COMPLEX WITH A BOUND TRANSITION-STATE ANALOGUE PHOSPHINIC PSEUDOPEPTIDE CARBOBENZOXY-PRO-LYS-PHE-Y(PO2)-ALA-PRO-OME 由来: (天然) ASTACUS FLUVIATILIS (甲殻類) / Cell: F-CELL / 器官: MIDGUT GLAND / Secretion: DIGESTIVE FLUID / 参照: UniProt: P07584, astacin |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-PKF / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | THE CDNA ENCODES TWO ADDITIONAL C-TERMINAL RESIDUES ARG-HIS THAT ARE CLEAVED OFF ...THE CDNA ENCODES TWO ADDITIONAL |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.26 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION PH 7.0, 1M AMMONIUM SULFATE | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Gomiz-Ruth, F.-W., (1993) J. Mol. Biol., 229, 945. / pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 289 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 2.14 |
検出器 | タイプ: BRUKER NONIUS FAST / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年6月15日 / 詳細: COLLIMATOR PINHOLES |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 2.14 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.14→8 Å / Num. obs: 12071 / % possible obs: 77.6 % / Observed criterion σ(I): 0.6 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.109 |
反射 シェル | 解像度: 2.14→2.19 Å / % possible all: 30.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 39277 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 30.4 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1AST 解像度: 2.14→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 27.44 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.14→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 9366 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |