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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qhh | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF DNA HELICASE WITH ADPNP | ||||||
![]() | (PROTEIN (PCRA ...) x 4 | ||||||
![]() | HYDROLASE / DNA REPAIR / DNA REPLICATION / SOS RESPONSE / HELICASE / ATP-BINDING / DNA-BINDING | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA helicase complex / DNA 3'-5' helicase / recombinational repair / DNA unwinding involved in DNA replication / 3'-5' DNA helicase activity / isomerase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Soultanas, P. / Dillingham, M.S. / Velankar, S.S. / Wigley, D.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: DNA binding mediates conformational changes and metal ion coordination in the active site of PcrA helicase. 著者: Soultanas, P. / Dillingham, M.S. / Velankar, S.S. / Wigley, D.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 145.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 112.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 919.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 938.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-PROTEIN (PCRA ... , 4種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 18850.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: NCA1503 / 遺伝子: PCRA / プラスミド: PET22 / 遺伝子 (発現宿主): PCRA / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 32419.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: NCA1503 / 遺伝子: PCRA / プラスミド: PET22 / 遺伝子 (発現宿主): PCRA / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 12821.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: NCA1503 / 遺伝子: PCRA / プラスミド: PET22 / 遺伝子 (発現宿主): PCRA / 発現宿主: ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 18557.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: NCA1503 / 遺伝子: PCRA / プラスミド: PET22 / 遺伝子 (発現宿主): PCRA / 発現宿主: ![]() ![]() |
-非ポリマー , 2種, 95分子 ![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-ATP / |
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#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.31 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Bird, L.E., (1998) Nucl. Acids Res., 26, 2686. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→10 Å / Num. obs: 42105 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.36 % / Rmerge(I) obs: 0.103 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.228 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |