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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qh3 | ||||||
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タイトル | HUMAN GLYOXALASE II WITH CACODYLATE AND ACETATE IONS PRESENT IN THE ACTIVE SITE | ||||||
![]() | PROTEIN (HYDROXYACYLGLUTATHIONE HYDROLASE) | ||||||
![]() | HYDROLASE / METALLO-HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() hydroxyacylglutathione hydrolase / hydroxyacylglutathione hydrolase activity / methylglyoxal catabolic process to D-lactate via S-lactoyl-glutathione / glutathione biosynthetic process / Pyruvate metabolism / glutathione metabolic process / mitochondrial matrix / mitochondrion / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cameron, A.D. / Ridderstrom, M. / Olin, B. / Mannervik, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of human glyoxalase II and its complex with a glutathione thiolester substrate analogue. 著者: Cameron, A.D. / Ridderstrom, M. / Olin, B. / Mannervik, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 121.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 94.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.99956, -0.01683, 0.02444), ベクター: |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 28904.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 382分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CAC.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CAC.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-CAC / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-CL / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
非ポリマーの詳細 | ONLY THE ARSENIC ATOMS OF CAC A265 AND CAC B265 HAVE BEEN MODELLED. CL 467 TENTATIVELY MODELLED AS ...ONLY THE ARSENIC ATOMS OF CAC A265 AND CAC B265 HAVE BEEN MODELLED. CL 467 TENTATIVEL |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 29 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: EQUILABRATION AGAINST 15-30% W/V PEG 2000 MONOMETHYL ETHER 0.2M MG-ACETATE, 0.1M NA-CACODYLATE PH 6.5 AND 2MM DTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.1 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月1日 / 詳細: BENT MIRROR |
放射 | モノクロメーター: TRIANGULAR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.911 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→15 Å / Num. obs: 126060 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 18.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 14 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 99 |
反射 | *PLUS Num. obs: 36838 / Num. measured all: 126060 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99 % / Rmerge(I) obs: 0.312 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→15 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 20.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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