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- PDB-1qgn: CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE FROM NICOTIANA TABACUM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qgn
タイトルCYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE FROM NICOTIANA TABACUM
要素PROTEIN (CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE)
キーワードLYASE / METHIONINE BIOSYNTHESIS / PYRIDOXAL 5'-PHOSPHATE / GAMMA-FAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


cystathionine gamma-synthase activity / transsulfuration / methionine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Cystathionine gamma-synthase 1/2 / : / Cys/Met metabolism enzymes pyridoxal-phosphate attachment site. / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...Cystathionine gamma-synthase 1/2 / : / Cys/Met metabolism enzymes pyridoxal-phosphate attachment site. / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Cystathionine gamma-synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana tabacum (タバコ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Steegborn, C. / Messerschmidt, A. / Laber, B. / Streber, W. / Huber, R. / Clausen, T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: The crystal structure of cystathionine gamma-synthase from Nicotiana tabacum reveals its substrate and reaction specificity.
著者: Steegborn, C. / Messerschmidt, A. / Laber, B. / Streber, W. / Huber, R. / Clausen, T.
履歴
登録1999年5月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32018年6月13日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation / diffrn_source
Item: _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE)
B: PROTEIN (CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE)
C: PROTEIN (CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE)
D: PROTEIN (CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE)
E: PROTEIN (CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE)
F: PROTEIN (CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE)
G: PROTEIN (CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE)
H: PROTEIN (CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)386,52116
ポリマ－384,5448
非ポリマー1,9778
水5,873326
1
A: PROTEIN (CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE)
B: PROTEIN (CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE)
C: PROTEIN (CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE)
D: PROTEIN (CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,2608
ポリマ－192,2724
非ポリマー9894
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22550 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area47770 Å2
手法PISA
2
E: PROTEIN (CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE)
F: PROTEIN (CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE)
G: PROTEIN (CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE)
H: PROTEIN (CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,2608
ポリマ－192,2724
非ポリマー9894
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22610 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area47630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.000, 129.500, 309.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.638161, -0.753666, -0.157282), (-0.753206, -0.653469, 0.075223), (-0.159472, 0.070462, -0.984685)23.9315, 39.8878, 58.5169
2given(-0.64551, 0.763684, 0.01022), (0.763658, 0.645163, 0.024293), (0.011958, 0.023486, -0.999653)54.6107, -26.1385, 52.9122
3given(-0.989182, -0.014049, 0.146021), (3.8E-5, -0.995428, -0.095511), (0.146695, -0.094473, 0.98466)70.2576, 19.1497, -4.3414
4given(-0.06148, -0.997951, 0.017701), (0.997999, -0.061726, -0.013689), (0.014754, 0.016824, 0.99975)33.9057, -31.8787, 77.0395
5given(-0.794814, -0.591162, -0.137108), (-0.602937, 0.794892, 0.067924), (0.068832, 0.136654, -0.988225)57.571, 40.7738, -25.2196
6given(0.802258, 0.596946, -0.006203), (0.596828, -0.801779, 0.030775), (0.013397, -0.028391, -0.999507)9.4804, -18.8983, -24.6871
7given(0.054148, 0.990222, 0.128562), (-0.99413, 0.065538, -0.086086), (-0.09367, -0.123146, 0.987958)48.3061, 43.4776, 79.7609

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要素

#1: タンパク質
PROTEIN (CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE)


分子量: 48067.973 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ALDIMINE LINKAGE BETWEEN PYRIDOXAL 5'-PHOSPHATE C4A AND LYS261 NZ
由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 遺伝子: METB / Organelle: CHLOROPLAST / プラスミド: PET23C(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ZPL5, EC: 4.2.99.9
#2: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 100 MM MES/NAOH, PH6.5, 200 MM MGAC2, 12 % (W/V) PEG8000
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 7.8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
1100 mMMES-NaOH1reservoir
2200 mM1reservoirMgAc2
312 %(w/v)PEG80001reservoir
410 mMTris-HCl1drop
50.010 mMPLP1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→8 Å / Num. obs: 95418 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.148 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 86
反射
*PLUS
% possible obs: 88.2 % / Num. measured all: 473805
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 86.4 % / Rmerge(I) obs: 0.554

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CS1

1cs1


解像度: 2.9→8 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 -5 %
Rwork0.201 --
obs-95418 88.2 %
原子変位パラメータBiso mean: 33 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24256 0 120 326 24702
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARAM19.SOL / Topol file: TOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.201 / Rfactor Rfree: 0.25
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 33 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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