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- PDB-1qfr: NMR SOLUTION STRUCTURE OF PHOSPHOCARRIER PROTEIN HPR FROM ENTEROC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qfr
タイトルNMR SOLUTION STRUCTURE OF PHOSPHOCARRIER PROTEIN HPR FROM ENTEROCOCCUS FAECALIS
要素PHOSPHOCARRIER PROTEIN HPR
キーワードTRANSPORT PROTEIN / HISTIDINE CONTAINING PHOSPHCARRIER PROTEIN / ENTEROCOCCUS FAECALIS / PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphotransferase system, HPr histidine phosphorylation site / PTS HPR domain histidine phosphorylation site signature. / HPr-like / Phosphotransferase system, HPr serine phosphorylation site / Histidine-containing Protein; Chain: A; / Phosphocarrier protein HPr-like / HPr-like superfamily / : / PTS HPr component phosphorylation site / PTS HPR domain profile. ...Phosphotransferase system, HPr histidine phosphorylation site / PTS HPR domain histidine phosphorylation site signature. / HPr-like / Phosphotransferase system, HPr serine phosphorylation site / Histidine-containing Protein; Chain: A; / Phosphocarrier protein HPr-like / HPr-like superfamily / : / PTS HPr component phosphorylation site / PTS HPR domain profile. / PTS HPR domain serine phosphorylation site signature. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphocarrier protein HPr
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法溶液NMR / ANGULAR SPACE SIMULATED ANNEALING
データ登録者Maurer, T. / Doeker, R. / Goerler, A. / Hengstenberg, W. / Kalbitzer, H.R.
引用
ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2001
タイトル: Three-dimensional structure of the histidine-containing phosphocarrier protein (HPr) from Enterococcus faecalis in solution.
著者: Maurer, T. / Doker, R. / Gorler, A. / Hengstenberg, W. / Kalbitzer, H.R.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1998
タイトル: Structural studies of histidine-containing phosphocarrier protein from Enterococcus faecalis.
著者: Hahmann, M. / Maurer, T. / Lorenz, M. / Hengstenberg, W. / Glaser, S. / Kalbitzer, H.R.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1993
タイトル: Active-centre torsion-angle strain revealed in 1.6 A-resolution structure of histidine-containing phosphocarrier protein.
著者: Jia, Z. / Vandonselaar, M. / Quail, J.W. / Delbaere, L.T.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1986
タイトル: Streptococcal phosphoenolpyruvate-sugar phosphotransferase system: amino acid sequence and site of ATP-dependent phosphorylation of HPr.
著者: Deutscher, J. / Pevec, B. / Beyreuther, K. / Kiltz, H.H. / Hengstenberg, W.
履歴
登録1999年4月13日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年11月27日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.12023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOCARRIER PROTEIN HPR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4591
ポリマ－9,4591
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)16 / 440MINIMUM PENALTY FUNCTION
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHOCARRIER PROTEIN HPR / HPR / HISTIDINE-CONTAINING PROTEIN


分子量: 9458.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 株: S. FAECALIS 26487 / 参照: UniProt: P07515

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121COSY
131TOCSY
141NOESY-TOCSY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED BY HOMONUCLEAR NMR EXPERIMENT.

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試料調製

詳細内容: 10% WATER/90% D2O
試料状態pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMXBrukerAMX5001
Bruker DMXBrukerDMX8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANA1.5GUNTERT, MUMENTHALER, WUTHRICH精密化
XwinNMR構造決定
精密化手法: ANGULAR SPACE SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: STANDARD ANGULAR SPACE SIMULATED ANNEALING PROTOCOLL: CALC_ALL
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: MINIMUM PENALTY FUNCTION
計算したコンフォーマーの数: 440 / 登録したコンフォーマーの数: 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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