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- PDB-1qfa: STRUCTURE OF A NEUROPEPTIDE Y Y2 AGONIST -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qfa
タイトルSTRUCTURE OF A NEUROPEPTIDE Y Y2 AGONIST
要素PROTEIN (NEUROPEPTIDE Y)
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / NEUROPEPTIDE Y / AGONIST / HELIX / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of nerve growth factor production / short-day photoperiodism / negative regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / monocyte activation / positive regulation of dopamine metabolic process / : / positive regulation of appetite / neuropeptide Y receptor binding / intestinal epithelial cell differentiation / positive regulation of eating behavior ...regulation of nerve growth factor production / short-day photoperiodism / negative regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / monocyte activation / positive regulation of dopamine metabolic process / : / positive regulation of appetite / neuropeptide Y receptor binding / intestinal epithelial cell differentiation / positive regulation of eating behavior / synaptic signaling via neuropeptide / adult feeding behavior / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / neuropeptide hormone activity / feeding behavior / positive regulation of cell-substrate adhesion / regulation of synaptic vesicle exocytosis / central nervous system neuron development / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / neuropeptide signaling pathway / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / neuronal dense core vesicle / negative regulation of blood pressure / Peptide ligand-binding receptors / calcium channel regulator activity / G protein-coupled receptor activity / cerebral cortex development / GABA-ergic synapse / terminal bouton / neuron projection development / perikaryon / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pancreatic hormone-like / Pancreatic hormone-like, conserved site / Pancreatic hormone peptide / Pancreatic hormone family signature. / Pancreatic hormone family profile. / Pancreatic hormones / neuropeptide F / peptide YY family
類似検索 - ドメイン・相同性
Pro-neuropeptide Y
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Barnham, K.J. / Catalfamo, F. / Pallaghy, P.K. / Howlett, G.J. / Norton, R.S.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 1999
タイトル: Helical structure and self-association in a 13 residue neuropeptide Y Y2 receptor agonist: relationship to biological activity.
著者: Barnham, K.J. / Catalfamo, F. / Pallaghy, P.K. / Howlett, G.J. / Norton, R.S.
履歴
登録1999年4月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月14日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (NEUROPEPTIDE Y)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,7741
ポリマ－1,7741
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 1000LOWEST STEREOCHEMICAL AND NOE ENERGIES
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド PROTEIN (NEUROPEPTIDE Y)


分子量: 1774.103 Da / 分子数: 1 / 断片: NPY Y2 RECEPTOR AGONIST / 変異: I28L, I31L / 由来タイプ: 合成
詳細: THIS PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THIS PEPTIDE IS NATURALLY FOUND IN HOMO SAPIENS (HUMAN).
参照: UniProt: P01303
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121COSY

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試料調製

詳細内容: 40% TFE-D3,60% WATER
試料状態pH: 3.6 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX600 / 製造業者: Bruker / モデル: DRX600 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851BRUNGER精密化
DYANA構造決定
X-PLOR構造決定
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST STEREOCHEMICAL AND NOE ENERGIES
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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