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万見
- PDB-1qf9: PH INFLUENCES FLUORIDE COORDINATION NUMBER OF THE ALFX PHOSPHORYL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qf9
タイトルPH INFLUENCES FLUORIDE COORDINATION NUMBER OF THE ALFX PHOSPHORYL TRANSFER TRANSITION STATE ANALOG IN UMP/CMP KINASE
要素PROTEIN (URIDYLMONOPHOSPHATE/CYTIDYLMONOPHOSPHATE KINASE)
キーワードKINASE / NUCLEOSIDE MONOPHOSPHATE KINASE / NMP KINASE / PHOSPHORYL TRANSFER / TRANSITION STATE ANALOG COMPLEX / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine nucleobase salvage / UMP/CMP kinase / CDP biosynthetic process / nucleotide salvage / : / CMP kinase activity / dCMP kinase activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / UMP kinase activity / phosphotransferase activity, phosphate group as acceptor ...pyrimidine nucleobase salvage / UMP/CMP kinase / CDP biosynthetic process / nucleotide salvage / : / CMP kinase activity / dCMP kinase activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / UMP kinase activity / phosphotransferase activity, phosphate group as acceptor / UDP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UMP-CMP kinase / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / Adenylate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / TETRAFLUOROALUMINATE ION / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / UMP-CMP kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Schlichting, I. / Reinstein, J.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: pH influences fluoride coordination number of the AlFx phosphoryl transfer transition state analog.
著者: Schlichting, I. / Reinstein, J.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Structures of active conformations of UMP kinase from Dictyostelium discoideum suggest phosphoryl transfer is associative.
著者: Schlichting, I. / Reinstein, J.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of the complex of UMP/CMP kinase from Dictyostelium discoideum and the bisubstrate inhibitor P1-(5'-adenosyl) P5-(5'-uridyl) pentaphosphate (UP5A) and Mg2+ at 2.2 A: ...タイトル: Crystal structure of the complex of UMP/CMP kinase from Dictyostelium discoideum and the bisubstrate inhibitor P1-(5'-adenosyl) P5-(5'-uridyl) pentaphosphate (UP5A) and Mg2+ at 2.2 A: implications for water-mediated specificity.
著者: Scheffzek, K. / Kliche, W. / Wiesmuller, L. / Reinstein, J.
#3: ジャーナル: Febs Lett. / 年: 1995
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of UMP/CMP-kinase from Dictyostelium discoideum with the specific bisubstrate inhibitor P1-(adenosine 5')-P5-(uridine 5')-pentaphosphate (UP5A).
著者: Wiesmuller, L. / Scheffzek, K. / Kliche, W. / Goody, R.S. / Wittinghofer, A. / Reinstein, J.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990
タイトル: cDNA-derived sequence of UMP-CMP kinase from Dictyostelium discoideum and expression of the enzyme in Escherichia coli.
著者: Wiesmuller, L. / Noegel, A.A. / Barzu, O. / Gerisch, G. / Schleicher, M.
履歴
登録1999年4月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (URIDYLMONOPHOSPHATE/CYTIDYLMONOPHOSPHATE KINASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8495
ポリマ－21,9711
非ポリマー8784
水3,261181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.000, 78.000, 100.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 PROTEIN (URIDYLMONOPHOSPHATE/CYTIDYLMONOPHOSPHATE KINASE) / UMP/CMP KINASE


分子量: 21970.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
株: AX2-214 / 遺伝子: KCY_DICDI / プラスミド: PIMS5-CDUK-1 / 遺伝子 (発現宿主): KCY_DICDI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20425, UMP/CMP kinase

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非ポリマー , 5種, 185分子

#2: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-C5P / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP


分子量: 323.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N3O8P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細ALF4 IS STABILIZED IN SOLUTION BY THE LOW PH USED FOR CRYSTALLIZATION ALF4 IS A SQUARE PLANAR ...ALF4 IS STABILIZED IN SOLUTION BY THE LOW PH USED FOR CRYSTALLIZATION ALF4 IS A SQUARE PLANAR TRANSITION STATE ANALOG OF THE PHOSPHORYL GROUP BEING TRANSFERRED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化pH: 4.5
詳細: 100 MM SODIUM ACETATE PH 4.5, 50 MM MGCL2, 40 MM DTE, 28% PEG 4000
結晶化
*PLUS
pH: 8.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Wiesmuller, L., (1995) FEBS Lett., 363, 22.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
214 %(w/v)PEG33501drop
350 mMTris-HCl1drop
4100 mM1dropMgCl2
50.02 %sodium azide1drop
610 mMDTE1drop
728 %(w/v)PEG33501reservoir
8100 mMTris-HCl1reservoir
9200 mM1reservoirMgCl2
100.04 %sodium azide1reservoir
1120 mMDTE1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1
検出器タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 日付: 1998年10月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 40853 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 23.19 Å2 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.36 / % possible all: 95.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 255114 / Rmerge(I) obs: 0.082
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.1 % / Rmerge(I) obs: 0.36

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UKD

3ukd


解像度: 1.7→20 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.0001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 -8 %RANDOM
Rwork0.216 ---
all-39907 --
obs-39907 98.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1537 0 54 181 1772
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 8 % / Rfactor obs: 0.216
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg2.7
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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