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- PDB-1qf5: DESIGN, SYNTHESIS, AND X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF AN ENZYME BOUND... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qf5
タイトルDESIGN, SYNTHESIS, AND X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF AN ENZYME BOUND BISUBSTRATE HYBRID INHIBITOR OF ADENYLOSUCCINATE SYNTHETASE
要素PROTEIN (ADENYLOSUCCINATE SYNTHETASE)
キーワードLIGASE / PURINE BIOSYNTHESIS / SYNTHETASE / GTP-BINDING / GTP-HYDROLYSING ENZYMES
機能・相同性
機能・相同性情報


adenylosuccinate synthase / adenylosuccinate synthase activity / adenosine biosynthetic process / IMP metabolic process / 'de novo' AMP biosynthetic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / purine nucleotide biosynthetic process / guanosine tetraphosphate binding / DNA damage response / GTP binding ...adenylosuccinate synthase / adenylosuccinate synthase activity / adenosine biosynthetic process / IMP metabolic process / 'de novo' AMP biosynthetic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / purine nucleotide biosynthetic process / guanosine tetraphosphate binding / DNA damage response / GTP binding / magnesium ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenylosuccinate Synthetase; Chain A, domain 1 / Adenylosuccinate Synthetase, subunit A, domain 1 / Adenylosuccinate Synthetase; Chain A, domain 3 / Adenylosuccinate Synthetase, subunit A, domain 3 / Adenylosuccinate Synthetase, subunit A; domain 2 / Adenylosuccinate Synthetase, subunit A, domain 2 / Adenylosuccinate synthase, active site / Adenylosuccinate synthetase active site. / Adenylosuccinate synthase, GTP-binding site / Adenylosuccinate synthetase, domain 2 ...Adenylosuccinate Synthetase; Chain A, domain 1 / Adenylosuccinate Synthetase, subunit A, domain 1 / Adenylosuccinate Synthetase; Chain A, domain 3 / Adenylosuccinate Synthetase, subunit A, domain 3 / Adenylosuccinate Synthetase, subunit A; domain 2 / Adenylosuccinate Synthetase, subunit A, domain 2 / Adenylosuccinate synthase, active site / Adenylosuccinate synthetase active site. / Adenylosuccinate synthase, GTP-binding site / Adenylosuccinate synthetase, domain 2 / Adenylosuccinate synthetase, domain 3 / Adenylosuccinate synthetase GTP-binding site. / Adenylosuccinate synthetase / Adenylosuccinate synthetase, domain 1 / Adenylosuccinate synthetase / Adenylosuccinate synthetase / Alpha-Beta Complex / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / (C8-S)-HYDANTOCIDIN 5'-PHOSPHATE / Adenylosuccinate synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hanessian, S. / Lu, P.-P. / Sanceau, J.-Y. / Chemla, P. / Prade, L. / Gohda, K. / Cowan-Jacob, S.W. / Fonne-Pfister, R.
引用
ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 1999
タイトル: An enzyme-bound bisubstrate hybrid inhibitor of adenylosuccinate synthetase
著者: Hanessian, S. / Lu, P.P. / Sanceau, J.Y. / Chemla, P. / Gohda, K. / Fonne-Pfister, R. / Prade, L. / Cowan-Jacob, S.W.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Refined crystal structure of adenylosuccinate synthetase from Escherichia coli complexed with hydantocidin 5'-phosphate, GDP, HPO4(2-), Mg2+, and hadacidin.
著者: Poland, B.W. / Lee, S.F. / Subramanian, M.V. / Siehl, D.L. / Anderson, R.J. / Fromm, H.J. / Honzatko, R.B.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Refined crystal structures of unligated adenylosuccinate synthetase from Escherichia coli.
著者: Silva, M.M. / Poland, B.W. / Hoffman, C.R. / Fromm, H.J. / Honzatko, R.B.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1993
タイトル: Crystal structure of adenylosuccinate synthetase from Escherichia coli. Evidence for convergent evolution of GTP-binding domains.
著者: Poland, B.W. / Silva, M.M. / Serra, M.A. / Cho, Y. / Kim, K.H. / Harris, E.M. / Honzatko, R.B.
履歴
登録1999年4月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (ADENYLOSUCCINATE SYNTHETASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2915
ポリマ－47,2701
非ポリマー1,0224
水2,198122
1
A: PROTEIN (ADENYLOSUCCINATE SYNTHETASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (ADENYLOSUCCINATE SYNTHETASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,58310
ポリマ－94,5392
非ポリマー2,0448
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area9730 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area28210 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)81.750, 81.750, 158.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 PROTEIN (ADENYLOSUCCINATE SYNTHETASE) / E.C.6.3.4.4


分子量: 47269.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: A GIFT FROM DR. B. BACHURCE 4 (GENETIC CENTER, YALE UNIVERSITY)
由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: PUR A STRAIN H1238 / 参照: UniProt: P0A7D4, adenylosuccinate synthase

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非ポリマー , 5種, 126分子

#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-RPL / (C8-S)-HYDANTOCIDIN 5'-PHOSPHATE / [8,9-DIHYDROXY-3-(4-CARBOXY-HYDROXY-HYDROXYMETHYL-AMINO-BUTYL)-2,4-DIOXO-6-OXA-1,3-DIAZA-SPIRO[4.4]NON-7-YLMETHYL] PHOSPHATE


分子量: 459.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H22N3O13P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細RESIDUE 416 DIVERGES FROM THE DNA SEQUENCE GIVEN IN PIR:A61592 AND IS GLYCINE IN THIS ENTRY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.01 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.1 Mcacodylate11
20.2 Mammonium sulfate11
330 %PEG800011

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM1A / 波長: 0.873
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→8 Å / Num. obs: 31224 / % possible obs: 76.2 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.062

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR98精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JUY

1juy


解像度: 2→6 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 -10 %RANDOM
Rwork0.196 ---
all-30096 --
obs-30096 85.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3321 0 64 122 3507
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.358
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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