+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qf3 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | PEANUT LECTIN COMPLEXED WITH METHYL-BETA-GALACTOSE | ||||||
要素 | PROTEIN (PEANUT LECTIN) | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / LECTIN / LEGUME LECTIN / WATER BRIDGES / CARBOHYDRATE SPECIFICITY / METHYL-BETA- GALACTOSE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Arachis hypogaea (トウジンマメ) | ||||||
手法 | X線回折 / OTHER / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Ravishankar, R. / Suguna, K. / Surolia, A. / Vijayan, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999 タイトル: Structures of the complexes of peanut lectin with methyl-beta-galactose and N-acetyllactosamine and a comparative study of carbohydrate binding in Gal/GalNAc-specific legume lectins. 著者: Ravishankar, R. / Suguna, K. / Surolia, A. / Vijayan, M. #1: ジャーナル: Curr.Sci. / 年: 1997 タイトル: The Specificity of Peanut Agglutinin for Thomsen-Friedenreich Antigen is Mediated by Water-Bridges 著者: Ravishankar, R. / Ravindran, M. / Suguna, K. / Surolia, A. / Vijayan, M. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996 タイトル: Conformation, protein-carbohydrate interactions and a novel subunit association in the refined structure of peanut lectin-lactose complex. 著者: Banerjee, R. / Das, K. / Ravishankar, R. / Suguna, K. / Surolia, A. / Vijayan, M. #3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994 タイトル: Crystal structure of peanut lectin, a protein with an unusual quaternary structure. 著者: Banerjee, R. / Mande, S.C. / Ganesh, V. / Das, K. / Dhanaraj, V. / Mahanta, S.K. / Suguna, K. / Surolia, A. / Vijayan, M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qf3.cif.gz | 189.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1qf3.ent.gz | 152 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qf3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1qf3_validation.pdf.gz | 465.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1qf3_full_validation.pdf.gz | 476.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1qf3_validation.xml.gz | 38.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1qf3_validation.cif.gz | 53.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/1qf3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/1qf3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25208.955 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Arachis hypogaea (トウジンマメ) / 参照: UniProt: P02872 #2: 糖 | ChemComp-MBG / #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-MN / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.69 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: HANGING DROP OF 5 MG/ML PROTEIN IN 0.05 M SODIUM PHOSPHATE BUFFER,PH 7.0, CONTAINING 0.2M SODIUM CHLORIDE, 0.02 % SODIUM AZIDE, 1.5-10MM METHYL-BETA- GALACTOSE AND 12% (W/V) PEG 8000 IN THE ...詳細: HANGING DROP OF 5 MG/ML PROTEIN IN 0.05 M SODIUM PHOSPHATE BUFFER,PH 7.0, CONTAINING 0.2M SODIUM CHLORIDE, 0.02 % SODIUM AZIDE, 1.5-10MM METHYL-BETA- GALACTOSE AND 12% (W/V) PEG 8000 IN THE SAME BUFFER, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRROR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→99 Å / Num. obs: 31250 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 18.3 % / Biso Wilson estimate: 19.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.128 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 573611 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: PDB2PEL.ENT WITHOUT SUGAR AND WATER 解像度: 2.8→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: THERE IS A TETRAMER IN THE ASYMMETRIC UNIT WITHOUT 222 OR FOUR-FOLD SYMMETRY.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.5 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4 % / Rfactor obs: 0.195 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 19.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.34 / % reflection Rfree: 3.7 % / Rfactor Rwork: 0.261 |