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- PDB-1qcr: CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE MITOCHONDRIAL CYTOCHROME BC1 COMPLEX,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qcr
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE MITOCHONDRIAL CYTOCHROME BC1 COMPLEX, ALPHA CARBON ATOMS ONLY
要素(UBIQUINOL CYTOCHROME C ...) x 11
キーワードOXIDOREDUCTASE / BC1 / QCR / MEMBRANE PROTEIN / PROTON TRANSLOCATION / ELECTRON TRANSFER / PROTEASE / MPP / MITOCHONDRIAL PROCESSING PEPTIDASE / CYTOCHROME C1 / CYTOCHROME B / RIESKE / IRON SULFER PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex III assembly / respiratory chain complex III / Respiratory electron transport / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / ubiquinone binding / Mitochondrial protein degradation / : ...Complex III assembly / respiratory chain complex III / Respiratory electron transport / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / ubiquinone binding / Mitochondrial protein degradation / : / respiratory electron transport chain / mitochondrial membrane / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / heme binding / mitochondrion / proteolysis / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily ...Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Xia, D. / Yu, C.A. / Kim, H. / Xia, J.Z. / Kachurin, A. / Zhang, L. / Yu, L. / Deisenhofer, J.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of the cytochrome bc1 complex from bovine heart mitochondria.
著者: Xia, D. / Yu, C.A. / Kim, H. / Xia, J.Z. / Kachurin, A.M. / Zhang, L. / Yu, L. / Deisenhofer, J.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1997
タイトル: Erratum. Crystal Structure of the Cytochrome Bc1 Complex from Bovine Heart Mitochondria
著者: Xia, D. / Yu, C.A. / Kim, H. / Xia, J.Z. / Kachurin, A.M. / Zhang, L. / Yu, L. / Deisenhofer, J.
履歴
登録1997年5月17日処理サイト: BNL
改定 1.01998年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
B: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
C: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
D: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
E: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
F: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
G: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
H: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
I: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
J: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
K: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,71312
ポリマ－210,09611
非ポリマー6161
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)153.500, 153.500, 597.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

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UBIQUINOL CYTOCHROME C ... , 11種, 11分子 ABCDEFGHIJK

#1: タンパク質 UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME BC1 / QCR / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 49252.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANE / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRION / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P31800, quinol-cytochrome-c reductase
#2: タンパク質 UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME BC1 / QCR / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 45023.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANE / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRION / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P23004, quinol-cytochrome-c reductase
#3: タンパク質 UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME BC1 / QCR / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 42489.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANE / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRION / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P00157, quinol-cytochrome-c reductase
#4: タンパク質 UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME BC1 / QCR / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 8785.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANE / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRION / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P00125, quinol-cytochrome-c reductase
#5: タンパク質 UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME BC1 / QCR / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 21640.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANE / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRION / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P13272, quinol-cytochrome-c reductase
#6: タンパク質 UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME BC1 / QCR / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 12731.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANE / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRION / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P00129, quinol-cytochrome-c reductase
#7: タンパク質 UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME BC1 / QCR / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 8287.608 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANE / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRION / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P13271, quinol-cytochrome-c reductase
#8: タンパク質 UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME BC1 / QCR / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 7090.942 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANE / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRION / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P00126, quinol-cytochrome-c reductase
#9: タンパク質・ペプチド UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME BC1 / QCR / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 2806.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANE / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRION / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P13272, quinol-cytochrome-c reductase
#10: タンパク質 UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME BC1 / QCR / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 6927.962 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANE / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRION / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P00130, quinol-cytochrome-c reductase
#11: タンパク質・ペプチド UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME BC1 / QCR / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 5060.901 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANE / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRION / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P07552, quinol-cytochrome-c reductase

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非ポリマー , 1種, 1分子

#12: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 100

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化pH: 7.2 / 詳細: pH 7.2
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mg/mlcomplex11
250 mMMOPS11
320 mMammonium acetate11
420 %glycerol11
50.1 %DMG11can be replaced by 0.1% SPC
612 %PEG400012
750 mMMOPS12
80.5 M12KCl
920 %glycerol12
100.1 %detergent12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 1.55
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年7月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.55 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→100 Å / Num. obs: 72196 / % possible obs: 90.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rsym value: 0.145 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.9→2.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.584 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 62.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 2166501
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 62.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.7→10 Å / Data cutoff high absF: 100000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 --
Rwork0.3 --
obs0.3 72196 90.6 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1883 0 43 0 1926
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.3 / Rfactor Rwork: 0.3
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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