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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qcb | ||||||
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タイトル | ESCHERICHIA COLI HEAT LABILE ENTEROTOXIN TYPE IIB B-PENTAMER | ||||||
![]() | PROTEIN (HEAT LABILE ENTEROTOXIN TYPE IIB B-PENTAMER) | ||||||
![]() | ENTEROTOXIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() perturbation of signal transduction in another organism / host cell membrane / toxin activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Merritt, E.A. / Hol, W.G.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of the B-Pentamer from E. coli Enterotoxin LT-IIb 著者: Merritt, E.A. / van den Akker, F. / Connell, T.D. / Holmes, R.K. / Hol, W.G.J. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of a New Heat-Labile Enterotoxin, LT-IIb 著者: Van Den Akker, F. / Sarfaty, S. / Twiddy, E.M. / Connell, T.D. / Holmes, R.K. / Hol, W.G.J. #2: ![]() タイトル: Cloning, Nucleotide Sequence, and Hybridization Studies of the Type IIb Heat- Labile Enterotoxin Gene of Escherichia coli 著者: Pickett, C.L. / Twiddy, E.M. / Coker, C. / Holmes, R.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 101.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 83.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 455.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 466.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10778.190 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.8 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, pH 8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 22778 / % possible obs: 83 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.066 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.207 / % possible all: 29 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→20 Å / Data cutoff low absF: 0.1 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER / 詳細: BULK SOLVENT MODELING. METHOD USED : BABINET
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABINET | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35 Å2
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Refine analyze | Occupancy sum non hydrogen: 3938 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
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拘束条件 |
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