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- PDB-1qcb: ESCHERICHIA COLI HEAT LABILE ENTEROTOXIN TYPE IIB B-PENTAMER -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qcb
タイトルESCHERICHIA COLI HEAT LABILE ENTEROTOXIN TYPE IIB B-PENTAMER
要素PROTEIN (HEAT LABILE ENTEROTOXIN TYPE IIB B-PENTAMER)
キーワードENTEROTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #50 / Type II heat-labile enterotoxin, B subunit / Type II heat-labile enterotoxin, B subunit superfamily / Type II heat-labile enterotoxin , B subunit (LT-IIB) / Enterotoxin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Heat-labile enterotoxin IIB, B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Merritt, E.A. / Hol, W.G.J.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structures of the B-Pentamer from E. coli Enterotoxin LT-IIb
著者: Merritt, E.A. / van den Akker, F. / Connell, T.D. / Holmes, R.K. / Hol, W.G.J.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Crystal Structure of a New Heat-Labile Enterotoxin, LT-IIb
著者: Van Den Akker, F. / Sarfaty, S. / Twiddy, E.M. / Connell, T.D. / Holmes, R.K. / Hol, W.G.J.
#2: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1989
タイトル: Cloning, Nucleotide Sequence, and Hybridization Studies of the Type IIb Heat- Labile Enterotoxin Gene of Escherichia coli
著者: Pickett, C.L. / Twiddy, E.M. / Coker, C. / Holmes, R.K.
履歴
登録1999年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: NDB
改定 1.02003年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.52021年7月28日Group: Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.ls_percent_reflns_obs
改定 1.62024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: PROTEIN (HEAT LABILE ENTEROTOXIN TYPE IIB B-PENTAMER)
E: PROTEIN (HEAT LABILE ENTEROTOXIN TYPE IIB B-PENTAMER)
F: PROTEIN (HEAT LABILE ENTEROTOXIN TYPE IIB B-PENTAMER)
G: PROTEIN (HEAT LABILE ENTEROTOXIN TYPE IIB B-PENTAMER)
H: PROTEIN (HEAT LABILE ENTEROTOXIN TYPE IIB B-PENTAMER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8915
ポリマ－53,8915
非ポリマー00
水2,720151
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11660 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area18860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.700, 69.000, 155.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
PROTEIN (HEAT LABILE ENTEROTOXIN TYPE IIB B-PENTAMER)


分子量: 10778.190 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: HB101 / プラスミド: BLUESCRIPT-KS VECTOR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43529
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.8 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 22778 / % possible obs: 83 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.066
反射 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.207 / % possible all: 29

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-GENデータスケーリング
MACROデータ削減
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
X-GENデータ削減
MACROデータスケーリング
精密化解像度: 2.2→20 Å / Data cutoff low absF: 0.1 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER / 詳細: BULK SOLVENT MODELING. METHOD USED : BABINET
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 1540 -RANDOM
Rwork0.193 ---
all-22778 --
obs-19532 86 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET
原子変位パラメータBiso mean: 35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.7041 Å20 Å20 Å2
2---3.206 Å20 Å2
3----0.4009 Å2
Refine analyzeOccupancy sum non hydrogen: 3938
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3750 0 0 151 3901
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.62
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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