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万見
- PDB-1qby: THE SOLUTION STRUCTURE OF A BAY-REGION 1R-BENZ[A]ANTHRACENE OXIDE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qby
タイトルTHE SOLUTION STRUCTURE OF A BAY-REGION 1R-BENZ[A]ANTHRACENE OXIDE ADDUCT AT THE N6 POSITION OF ADENINE OF AN OLIGODEOXYNUCLEOTIDE CONTAINING THE HUMAN N-RAS CODON 61 SEQUENCE
要素
  • 5'-D(*CP*GP*GP*AP*CP*(BZA)AP*AP*GP*AP*AP*G)-3'
  • 5'-D(*CP*TP*TP*CP*TP*TP*GP*TP*CP*CP* G)-3'
キーワードDNA / BENZ[A]ANTHRACENE-DNA DUPLEX / INTERCALATION
機能・相同性Chem-BZA / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / NOE-RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Li, Z. / Mao, H. / Kim, H.-Y. / Tamura, P.J. / Harris, C.M. / Harris, T.M. / Stone, M.P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Intercalation of the (-)-(1R,2S,3R, 4S)-N6-[1-benz[a]anthracenyl]-2'-deoxyadenosyl adduct in an oligodeoxynucleotide containing the human N-ras codon 61 sequence.
著者: Li, Z. / Mao, H. / Kim, H.Y. / Tamura, P.J. / Harris, C.M. / Harris, T.M. / Stone, M.P.
履歴
登録1999年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: NDB
改定 1.01999年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*GP*GP*AP*CP*(BZA)AP*AP*GP*AP*AP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*TP*TP*CP*TP*TP*GP*TP*CP*CP* G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9883
ポリマ－6,7072
非ポリマー2801
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 1back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
代表モデルモデル #12closest to the average

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*GP*AP*CP*(BZA)AP*AP*GP*AP*AP*G)-3'


分子量: 3416.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*TP*CP*TP*TP*GP*TP*CP*CP* G)-3'


分子量: 3291.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THIS SEQUENCE WAS SYNTHESIZED BY CHEMICAL METHOD
#3: 化合物 ChemComp-BZA / 1R,2S,3R,4S-TETRAHYDRO-BENZO[A]ANTHRACENE-2,3,4-TRIOL


分子量: 280.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H16O3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
322DQF-COSY
332TOCSY
2422D NOESY
NMR実験の詳細Text: STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD 2D HOMONUCLEAR TECHNIQUES

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
11.6 MM OLIGODEOXYNUCLEOTIDE; 10 MM PHOSPHATE BUFFER; 0.05 MM EDTA; 0.1 M NACL
21.6 MM OLIGODEOXYNUCLEOTIDE; 10 MM PHOSPHATE BUFFER; 0.05 MM EDTA; 0.1 M NACL
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.1 M NACL 7.0 1 atm278 K
20.1 M NACL 7.0 1 atm288 K
30.1 M NACL 7.0 1 atm298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMXBrukerAMX5001
Bruker AMXBrukerAMX7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2BRUCKERcollection
X-PLOR3.1BRUNGER構造決定
Felix97BIOSYM TECHNOLOGIES解析
CORMA5.2BORGIAS,B.A., THOMAS,P.D., LI,H., KUMAR,A., AND TONELLI,M.精密化
MARDIGRAS3BORGIAS,B.A., THOMAS,P.D., LI,H., KUMAR,A., AND TONELLI,M.iterative matrix relaxation
精密化手法: NOE-RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING
ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURE IS BASED ON A TOTAL OF 509 NOE-DERIVED DISTANCE CONSTRAINTS, 95 EMPIRICAL SUGAR PUCKER RESTRAINTS, 36 EMPIRICAL BACKBONE ANGLE DIHEDRAL RESTRAINTS, AND 16 EMPIRICAL PLANARITY RESTRAINTS.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
計算したコンフォーマーの数: 1 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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