PDB-1qbf: NMR SOLUTION STRUCTURE OF PORCINE PEPTIDE YY

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1qbf

タイトル

NMR SOLUTION STRUCTURE OF PORCINE PEPTIDE YY

要素

PEPTIDE YY

キーワード

INHIBITOR/HORMONE / PP-FOLD / PANCREATIC HORMONE / INHIBITOR-HORMONE COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

neuropeptide Y receptor binding / neuropeptide hormone activity / feeding behavior / neuropeptide signaling pathway / extracellular space
類似検索 - 分子機能

手法

溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY SIMULATED ANNEALING, MOLECULAR DYNAMICS

データ登録者

Keire, D.A. / Kobayashi, M. / Solomon, T.E. / Reeve Jr., J.R.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Solution structure of monomeric peptide YY supports the functional significance of the PP-fold.
著者: Keire, D.A. / Kobayashi, M. / Solomon, T.E. / Reeve, J.R.

履歴

登録	1999年4月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年11月13日	Group: Derived calculations / Structure summary カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_keywords Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_keywords.text

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1qbf.cif.gz	17.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1qbf.ent.gz	13.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1qbf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1qbf_validation.pdf.gz	332.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1qbf_full_validation.pdf.gz	346.1 KB	表示
XML形式データ	1qbf_validation.xml.gz	4.1 KB	表示
CIF形式データ	1qbf_validation.cif.gz	5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/1qbf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/1qbf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2kpb-d 1z2t-d 1pmc-d 1np5-d 1cq0-d 2rmw-d 2mvl-d 4hb1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (6) #149 - 2012年5月レプチン (Leptin) 類似性 (6)

登録構造単位

A: PEPTIDE YY

4.25 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / 200	lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	PEPTIDE YY / PYY 分子量: 4245.690 Da / 分子数: 1 / 断片: PORCINE PYY / 由来タイプ: 合成 / 詳細: PORCINE SEQUENCE / 参照: UniProt: P68005

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	TOCSY

NMR実験の詳細

Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD HOMONUCLEAR TECHNIQUES

-
試料調製

詳細	内容: 1 MM PYY, 0.15 M KCL, PH 5.5
試料状態	イオン強度: 0.15 / pH: 5.5 / 温度: 298 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	VERSION 3.0	BRUNGER, ET AL.	構造決定
X-PLOR	VERSION 3.0	BRUNGER, ET AL.	精密化

精密化

手法: DISTANCE GEOMETRY SIMULATED ANNEALING, MOLECULAR DYNAMICS
ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURE IS BASED ON 396 NOE DERIVED RESTRAINTS INCLUDING 9 HYDROGEN BONDS INTERPROTON DISTANCES

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: lowest energy / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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