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- PDB-1qaz: CRYSTAL STRUCTURE OF ALGINATE LYASE A1-III FROM SPHINGOMONAS SPEC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qaz
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF ALGINATE LYASE A1-III FROM SPHINGOMONAS SPECIES A1 AT 1.78A RESOLUTION
要素PROTEIN (ALGINATE LYASE A1-III)
キーワードLYASE / ALGINATE LYASE / CRYSTALS
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Alginate lyase domain / Alginate lyase / Alginate lyase 2 / Alginate lyase / Chondroitin AC/alginate lyase / Chondroitin AC/alginate lyase / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Sphingomonas sp. (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Yoon, H.-J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of alginate lyase A1-III from Sphingomonas species A1 at 1.78 A resolution.
著者: Yoon, H.J. / Mikami, B. / Hashimoto, W. / Murata, K.
履歴
登録1999年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (ALGINATE LYASE A1-III)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8423
ポリマ－39,6501
非ポリマー1922
水5,368298
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.9, 92.4, 81.6
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 104.0, 90.0
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (ALGINATE LYASE A1-III) / E.C.3.5.1.45


分子量: 39649.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sphingomonas sp. (バクテリア) / プラスミド: PISA412 / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: Q9KWU1, EC: 3.5.1.45
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 49% (NH4)2SO4, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1(NH4)2SO411
2HEPES11
3(NH4)2SO412
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 46 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
117.2 mg/mlprotein1drop
20.1 M1drop
347-49 %satammonium sulfate1reservoir
40.1 MHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→26.31 Å / Num. obs: 30410 / % possible obs: 88.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / 冗長度: 2.12 % / Rsym value: 0.032 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 1.78→1.84 Å / % possible all: 49.9
反射
*PLUS
Num. obs: 34661 / % possible obs: 90.2 % / Num. measured all: 127587 / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
FRAMBOデータ収集
SADIEデータ削減
SAINTデータ削減
PHASES位相決定
X-PLOR3.1精密化
SADIEデータスケーリング
SAINTデータスケーリング
精密化解像度: 1.78→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 2993 10 %RANDOM
Rwork0.18 ---
all-29746 --
obs-26753 89.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2793 0 10 298 3101
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d2.67
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 26746
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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