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- PDB-1qay: TERNARY COMPLEX OF PSEUDOMONAS MEVALONII HMG-COA REDUCTASE WITH M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qay
タイトルTERNARY COMPLEX OF PSEUDOMONAS MEVALONII HMG-COA REDUCTASE WITH MEVALONATE AND NAD+
要素PROTEIN (3-HYDROXY-3-METHYLGLUTARYL-COENZYME A REDUCTASE)
キーワードOXIDOREDUCTASE / 4-ELECTRON OXIDO-REDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxymethylglutaryl-CoA reductase / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADH) activity / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) activity / coenzyme A metabolic process
類似検索 - 分子機能
Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, bacterial-type / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase; Chain A, domain 2 / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase; Chain A, domain 2 / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 2. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 1. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 3. / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, substrate-binding domain superfamily ...Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, bacterial-type / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase; Chain A, domain 2 / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase; Chain A, domain 2 / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 2. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 1. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 3. / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, substrate-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, catalytic domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, conserved site / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductase / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases family profile. / Alpha-Beta Plaits / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(R)-MEVALONATE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas mevalonii (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Tabernero, L. / Bochar, D.A. / Rodwell, V.W. / Stauffacher, C.V.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Substrate-induced closure of the flap domain in the ternary complex structures provides insights into the mechanism of catalysis by 3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA reductase.
著者: Tabernero, L. / Bochar, D.A. / Rodwell, V.W. / Stauffacher, C.V.
履歴
登録1999年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (3-HYDROXY-3-METHYLGLUTARYL-COENZYME A REDUCTASE)
B: PROTEIN (3-HYDROXY-3-METHYLGLUTARYL-COENZYME A REDUCTASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,0934
ポリマ－91,2822
非ポリマー8112
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11850 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area25310 Å2
手法PISA
2
A: PROTEIN (3-HYDROXY-3-METHYLGLUTARYL-COENZYME A REDUCTASE)
B: PROTEIN (3-HYDROXY-3-METHYLGLUTARYL-COENZYME A REDUCTASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (3-HYDROXY-3-METHYLGLUTARYL-COENZYME A REDUCTASE)
B: PROTEIN (3-HYDROXY-3-METHYLGLUTARYL-COENZYME A REDUCTASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (3-HYDROXY-3-METHYLGLUTARYL-COENZYME A REDUCTASE)
B: PROTEIN (3-HYDROXY-3-METHYLGLUTARYL-COENZYME A REDUCTASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)276,27912
ポリマ－273,8476
非ポリマー2,4326
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area42420 Å2
ΔGint-217 kcal/mol
Surface area69080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)228.500, 228.500, 228.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number214
Space group name H-MI4132

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (3-HYDROXY-3-METHYLGLUTARYL-COENZYME A REDUCTASE)


分子量: 45641.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mevalonii (バクテリア)
遺伝子: MVAA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13702
#2: 化合物 ChemComp-MEV / (R)-MEVALONATE


分子量: 147.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11O4
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.81 %
結晶化pH: 6.7
詳細: VAPOR DIFFUSION, 295K, PH 6.7, 1.2M AMMONIUM SULFATE, 100MM ADA BUFFER
結晶化
*PLUS
pH: 8.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mMTris-HCl1drop
2400 mM1dropKCl
310 %glycerol1drop
41.2 Mammonium sulfate1reservoir
575 mMsodium citrate1reservoir
6100 mMsodium ADA1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→25 Å / Num. obs: 23498 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / % possible all: 73.4
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 73.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.8→8 Å
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 1763 -RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.188 21626 85 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5625 0 54 61 5740
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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