+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qat | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | 1-PHOSPHATIDYLINOSITOL-4,5-BISPHOSPHATE PHOSPHODIESTERASE DELTA COMPLEX WITH SAMARIUM (III) CHLORIDE | ||||||
要素 | PHOSPHOLIPASE C DELTA-1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / LIPID DEGRADATION / TRANSDUCER / CALCIUM-BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / response to prostaglandin F / positive regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / phosphoinositide phospholipase C / positive regulation of norepinephrine secretion / phosphatidylinositol phosphate binding / response to aluminum ion / phosphatidylinositol metabolic process / phosphatidylinositol phospholipase C activity / phosphatidic acid binding ...Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / response to prostaglandin F / positive regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / phosphoinositide phospholipase C / positive regulation of norepinephrine secretion / phosphatidylinositol phosphate binding / response to aluminum ion / phosphatidylinositol metabolic process / phosphatidylinositol phospholipase C activity / phosphatidic acid binding / phospholipase C activity / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / calcium-dependent phospholipid binding / GTPase activating protein binding / labyrinthine layer blood vessel development / phosphatidylinositol-mediated signaling / response to hyperoxia / lipid catabolic process / release of sequestered calcium ion into cytosol / regulation of cytosolic calcium ion concentration / : / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / mitochondrial membrane / phospholipid binding / response to peptide hormone / response to calcium ion / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of cell population proliferation / angiogenesis / G protein-coupled receptor signaling pathway / calcium ion binding / enzyme binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Grobler, J.A. / Hurley, J.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996 タイトル: C2 domain conformational changes in phospholipase C-delta 1. 著者: Grobler, J.A. / Essen, L.O. / Williams, R.L. / Hurley, J.H. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1996 タイトル: Crystal Structure of a Mammalian Phosphoinositide-Specific Phospholipase C Delta 著者: Essen, L.O. / Perisic, O. / Cheung, R. / Katan, M. / Williams, R.L. #2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1996 タイトル: Expression, Characterization, and Crystallization of the Catalytic Core of Rat Phosphatidylinositide-Specific Phospholipase C Delta 1 著者: Grobler, J.A. / Hurley, J.H. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qat.cif.gz | 209.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1qat.ent.gz | 164.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qat.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/1qat ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/1qat | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 70430.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PHOSHOINOSITIDE-SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C DELTA-1 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 器官: SEED / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10688, phosphoinositide phospholipase C #2: 化合物 | ChemComp-SM / |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.51 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 手法: clusters formed by mixing - used as seeds in hanging drop pH: 6.5 詳細: NEEDLE CLUSTERS WERE FORMED BY MIXING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN SOLUTION (22 MG/ML) WITH A WELL SOLUTION CONSISTING OF 0.1 M NA MES (PH 6.0), 0.2 M LICL, 20% GLYCEROL, AND 12-14 % PEG 8000. ...詳細: NEEDLE CLUSTERS WERE FORMED BY MIXING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN SOLUTION (22 MG/ML) WITH A WELL SOLUTION CONSISTING OF 0.1 M NA MES (PH 6.0), 0.2 M LICL, 20% GLYCEROL, AND 12-14 % PEG 8000. FRAGMENTS OF THE NEEDLE CLUSTERS WERE USED TO SEED HANGING DROPS. THE WELL SOLUTION USED FOR THE SEEDING EXPERIMENTS WAS ADJUSTED TO 0.1M NA MES (PH 6.5), 0.2 M LICL, 20 % GLYCEROL, AND 6-8 % PEG 8000., clusters formed by mixing - used as seeds in hanging drops PH範囲: 6.0-6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: used to seeding, Grobler, J.A., (1996) Protein Sci., 5, 680. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→60 Å / Num. obs: 24235 / % possible obs: 84.9 % / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rsym value: 0.121 / Net I/σ(I): 7.2 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.248 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.248 / % possible all: 73.8 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER 開始モデル: APO TRICLINIC PHOSPHOLIPASE C 解像度: 3→6 Å / 交差検証法: FREE R
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→6 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.09 Å /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|