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- PDB-1qa5: MYRISTOYLATED HIV-1 NEF ANCHOR DOMAIN, NMR, 2 STRUCTURES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qa5
タイトルMYRISTOYLATED HIV-1 NEF ANCHOR DOMAIN, NMR, 2 STRUCTURES
要素PROTEIN (MYRISTOYLATED HIV-1 NEF ANCHOR DOMAIN (MYRISTATE-GLY2 TO TRP57))
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV / AIDS / REGULATORY FACTOR / NEGATIVE FACTOR / NEF / MYRISTOYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of glycoprotein biosynthetic process / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / symbiont-mediated suppression of host autophagy / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / thioesterase binding / CD4 receptor binding / MHC class I protein binding / host cell Golgi membrane / viral life cycle ...negative regulation of glycoprotein biosynthetic process / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / symbiont-mediated suppression of host autophagy / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / thioesterase binding / CD4 receptor binding / MHC class I protein binding / host cell Golgi membrane / viral life cycle / regulation of calcium-mediated signaling / SH3 domain binding / virion component / ATPase binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / signaling receptor binding / protein kinase binding / GTP binding / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
HIV 1 nef anchor domain / HIV 1 nef anchor domain / HIV-1 Nef protein, anchor domain superfamily / HIV negative factor Nef / HIV-1 Nef protein, core domain superfamily / Negative factor, (F-Protein) or Nef / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Geyer, M. / Kalbitzer, H.R.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Structure of the anchor-domain of myristoylated and non-myristoylated HIV-1 Nef protein.
著者: Geyer, M. / Munte, C.E. / Schorr, J. / Kellner, R. / Kalbitzer, H.R.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997
タイトル: Refined solution structure and backbone dynamics of HIV-1 Nef.
著者: Grzesiek, S. / Bax, A. / Hu, J.S. / Kaufman, J. / Palmer, I. / Stahl, S.J. / Tjandra, N. / Wingfield, P.T.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Solution structure of a polypeptide from the N terminus of the HIV protein Nef.
著者: Barnham, K.J. / Monks, S.A. / Hinds, M.G. / Azad, A.A. / Norton, R.S.
#3: ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: The crystal structure of HIV-1 Nef protein bound to the Fyn kinase SH3 domain suggests a role for this complex in altered T cell receptor signaling.
著者: Arold, S. / Franken, P. / Strub, M.P. / Hoh, F. / Benichou, S. / Benarous, R. / Dumas, C.
#4: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of the conserved core of HIV-1 Nef complexed with a Src family SH3 domain.
著者: Lee, C.H. / Saksela, K. / Mirza, U.A. / Chait, B.T. / Kuriyan, J.
#5: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: The solution structure of HIV-1 Nef reveals an unexpected fold and permits delineation of the binding surface for the SH3 domain of Hck tyrosine protein kinase.
著者: Grzesiek, S. / Bax, A. / Clore, G.M. / Gronenborn, A.M. / Hu, J.S. / Kaufman, J. / Palmer, I. / Stahl, S.J. / Wingfield, P.T.
#6: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1994
タイトル: A possible regulation of negative factor (Nef) activity of human immunodeficiency virus type 1 by the viral protease.
著者: Freund, J. / Kellner, R. / Konvalinka, J. / Wolber, V. / Krausslich, H.G. / Kalbitzer, H.R.
履歴
登録1999年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年11月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42021年10月27日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: database_2 / pdbx_entity_src_syn ...database_2 / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_nmr_software.authors / _pdbx_nmr_software.classification / _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.52022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (MYRISTOYLATED HIV-1 NEF ANCHOR DOMAIN (MYRISTATE-GLY2 TO TRP57))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0281
ポリマ－6,0281
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area310 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area6460 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)2 / 400TWO STRUCTURES WITH LOW TOTAL ENERGY WERE SELECTED SHOWING THE CONFORMATIONAL VARIETY OF THE FLEXIBLE DOMAIN
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (MYRISTOYLATED HIV-1 NEF ANCHOR DOMAIN (MYRISTATE-GLY2 TO TRP57))


分子量: 6027.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus type 1 (isolate NL4-3) (ヒト免疫不全ウイルス)
キーワード: N-TERMINAL MYRISTOYLATION ON GLY-2 / 参照: UniProt: P04324

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 1H
NMR実験の詳細Text: THE COORDINATES OF 2 SIMULATED ANNEALING STRUCTURES ARE PRESENTED IN THIS ENTRY. THE STRUCTURE OF THE MYRISTOYLATED HIV-1 NEF ANCHOR DOMAIN IS HIGHLY FLEXIBLE AND NOT WELL DEFINED BY NMR ...Text: THE COORDINATES OF 2 SIMULATED ANNEALING STRUCTURES ARE PRESENTED IN THIS ENTRY. THE STRUCTURE OF THE MYRISTOYLATED HIV-1 NEF ANCHOR DOMAIN IS HIGHLY FLEXIBLE AND NOT WELL DEFINED BY NMR RESTRAINTS. ONLY TWO SECONDARY STRUCTURE ELEMENTS CAN BE OBSERVED: A FIRST HELIX IN THE POSITIVE CLUSTER REGION FROM PRO14 TO ARG22 AND A SECOND HELICAL REGION FROM ALA33 TO GLY41. ADDITIONALLY, THE N-TERMINAL MYRISTIC ACID RESIDUE CLOSELY INTERACTS WITH THE SIDE CHAIN OF TRP5 AND THEREBY FORMS A LOOP WITH GLY2, GLY3 AND LYS4 IN THE KINK REGION. TWO MODELS ARE PRESENTED TO DEMONSTRATE THE CONFORMATIONAL VARIETY OF THE STRUCTURES CALCULATED.

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試料調製

試料状態pH: 4.6 / 温度: 285 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMXBrukerAMX5001
Bruker DMXBrukerDMX8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851BRUNGER精密化
AURELIA2Neidig, Geyer, Gorler, Antz, Saffrich, Beneicke, Kalbitzerstructure calculation
X-PLOR3.851BRUNGERstructure calculation
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES WERE CALCULATED WITH X-PLOR, V. 3.851 (BRUNGER, 1992) USING A DISTANCE GEOMETRY/SIMULATED ANNEALING PROTOCOL (NILGES ET AL., FEBS LETT. 229, 317 (1988)). THE 3D STRUCTURE OF ...詳細: THE STRUCTURES WERE CALCULATED WITH X-PLOR, V. 3.851 (BRUNGER, 1992) USING A DISTANCE GEOMETRY/SIMULATED ANNEALING PROTOCOL (NILGES ET AL., FEBS LETT. 229, 317 (1988)). THE 3D STRUCTURE OF MYRISTOYLATED HIV-1 NEF ANCHOR DOMAIN (MYR-2-57) SOLVED BY TWO-DIMENSIONAL HOMONUCLEAR NMR SPECTROSCOPY IS BASED ON 540 EXPERIMENTAL RESTRAINTS: 332 INTRARESIDUAL, 156 SEQUENTIAL AND MEDIUM RANGE (1<=|I-J|<=4), AND 10 LONG RANGE (|I-J|>=5) INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS; 42 TORSION ANGLE RESTRAINTS (PHI). NO RESTRAINTS FOR HYDROGEN BONDS WERE ADDED.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: TWO STRUCTURES WITH LOW TOTAL ENERGY WERE SELECTED SHOWING THE CONFORMATIONAL VARIETY OF THE FLEXIBLE DOMAIN
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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