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- PDB-1q9b: CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF Hev b 6.02 (HEVEIN) AT 1.5 ANGSTROM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q9b
タイトルCRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF Hev b 6.02 (HEVEIN) AT 1.5 ANGSTROMS RESOLUTION
要素Hevein
キーワードALLERGEN / LECTIN / AGGLUTININ-TOXIN MOTIF
機能・相同性
機能・相同性情報


chitin binding / RNA nuclease activity / defense response to fungus / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Barwin domain / Barwin, conserved site / Pathogenesis-related protein-4 / Barwin family / Barwin domain signature 1. / Barwin domain signature 2. / Barwin domain profile. / Endochitinase-like / Chitin-binding, type 1, conserved site / Chitin recognition protein ...Barwin domain / Barwin, conserved site / Pathogenesis-related protein-4 / Barwin family / Barwin domain signature 1. / Barwin domain signature 2. / Barwin domain profile. / Endochitinase-like / Chitin-binding, type 1, conserved site / Chitin recognition protein / Chitin recognition or binding domain signature. / Chitin-binding type-1 domain profile. / Chitin binding domain / Chitin-binding, type 1 / Endochitinase-like superfamily / RlpA-like domain superfamily / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Hevea brasiliensis (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Rodriguez-Romero, A. / Hernandez-Santoyo, A.
引用
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1991
タイトル: Crystal Structure of Hevein at 2.8 A Resolution
著者: Rodriguez-Romero, A. / Ravichandran, K.G. / Soriano-Garcia, M.
履歴
登録2003年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hevein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,9683
ポリマ－4,7311
非ポリマー2362
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)31.810, 60.950, 22.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Hevein / HEV b 6.02


分子量: 4731.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hevea brasiliensis (植物) / 組織: LATEX / 参照: UniProt: P02877
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.5 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: MPD, Tris-HCl, pH 7.10, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 7.1 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
160 %MPD1reservoir
240 mMTris-HCl1reservoirpH7.1

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年1月15日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→15 Å / Num. all: 7678 / Num. obs: 7332 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 13.9 Å2 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 12.3 / Num. unique all: 635 / Rsym value: 0.046 / % possible all: 97.2
反射
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 15 Å / Num. obs: 7113 / 冗長度: 4.7 % / Num. measured all: 57822 / Rmerge(I) obs: 0.05

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXL-97精密化
SCALAデータスケーリング
Agrovataデータ削減
TRUNCATEデータ削減
CNS精密化
DENZOデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HEV

1hev


解像度: 1.5→9.5 Å / Num. parameters: 3772 / Num. restraintsaints: 4884 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: THE ALTERNATE CONFORMATIONS EVENTUALLY REDUCED FREE R FROM 21.19-19.20%. INTRODUCTION OF ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R FROM 19.20- 16.01%. DISCRETELY DISORDERED HETEROGENS: 2, MPD 101 ...詳細: THE ALTERNATE CONFORMATIONS EVENTUALLY REDUCED FREE R FROM 21.19-19.20%. INTRODUCTION OF ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R FROM 19.20- 16.01%. DISCRETELY DISORDERED HETEROGENS: 2, MPD 101 AND MPD 102; DISCRETELY DISORDERED RESIDUES: 6, GLU 1, LEU 11, PRO 13, SER 26, GLU 29, PRO 33. ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.145 698 10 %RANDOM
all0.128 6996 --
obs0.128 6980 94.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
Refine analyzeNum. disordered residues: 8 / Occupancy sum hydrogen: 268 / Occupancy sum non hydrogen: 379
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→9.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数345 0 32 39 416
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0214
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.06
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.077
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.021
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.034
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.065
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / Num. reflection Rfree: 63 / Num. reflection obs: 635
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.128
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.021
X-RAY DIFFRACTIONs_chiral_restr0.06

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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