PDB-1q8r: Structure of E.coli RusA Holliday junction resolvase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1q8r

タイトル

Structure of E.coli RusA Holliday junction resolvase

要素

Crossover junction endodeoxyribonuclease rusA

キーワード

RECOMBINATION / HYDROLASE / extended mixed beta sheet / chorismate mutase-like fold

機能・相同性

機能・相同性情報

crossover junction endodeoxyribonuclease / crossover junction endodeoxyribonuclease / crossover junction DNA endonuclease activity / four-way junction DNA binding / DNA recombination / DNA repair / magnesium ion binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.899 Å

データ登録者

Rafferty, J.B. / Bolt, E.L. / Muranova, T.A. / Sedelnikova, S.E. / Leonard, P. / Pasquo, A. / Baker, P.J. / Rice, D.W. / Sharples, G.J. / Lloyd, R.G.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: The structure of Escherichia coli RusA endonuclease reveals a new Holliday junction DNA binding fold
著者: Rafferty, J.B. / Bolt, E.L. / Muranova, T.A. / Sedelnikova, S.E. / Leonard, P. / Pasquo, A. / Baker, P.J. / Rice, D.W. / Sharples, G.J. / Lloyd, R.G.

履歴

登録	2003年8月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年1月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年9月17日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1q8r.cif.gz	58.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1q8r.ent.gz	43.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1q8r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1q8r_validation.pdf.gz	432.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1q8r_full_validation.pdf.gz	436.5 KB	表示
XML形式データ	1q8r_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	1q8r_validation.cif.gz	16.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/1q8r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/1q8r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5ocd-2 2nsd-2 4jqn-d 5z3w-3 5tk7-d 4r9s-1 1y4l-d 3ucx-d 6m5n-d 7cgd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Crossover junction endodeoxyribonuclease rusA

B: Crossover junction endodeoxyribonuclease rusA

27.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.352, 50.052, 49.597
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.42, 90.00
Int Tables number	4
Cell setting	monoclinic
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	A
4	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	TYR	TYR	A	A	1 - 17	1 - 17
2	1	MET	MET	TYR	TYR	B	B	1 - 17	1 - 17
3	2	GLU	GLU	GLY	GLY	A	A	30 - 118	30 - 118
4	2	GLU	GLU	GLY	GLY	B	B	30 - 118	30 - 118

詳細

The asymmetric unit contains the biologically active dimer

#1: タンパク質	Crossover junction endodeoxyribonuclease rusA / E.C.3.1.22.- / RusA resolvase / Holliday junction nuclease rusA / Holliday junction resolvase / endodeoxyribonuclease RUS 分子量: 13867.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rusa / プラスミド: pEB259 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: P40116, UniProt: P0AG74*PLUS, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Crossover junction endodeoxyribonuclease rusA / E.C.3.1.22.- / RusA resolvase / Holliday junction nuclease rusA / Holliday junction resolvase / endodeoxyribonuclease RUS

分子量: 13867.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rusa / プラスミド: pEB259 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: P40116, UniProt: P0AG74*PLUS, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.17 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 4000, sodium acetate, Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

結晶化

*PLUS

pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	5 mg/ml	protein	1	drop
2	30 %	PEG4000	1	reservoir
3	0.3 M	sodium acetate	1	reservoir	in Tris-HCl, pH8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97943 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月25日詳細: tungsten carbide primary slits, Si crystal monochromator, tungsten carbide secondary slits, toroidal zerodur mirror
放射	モノクロメーター: Si crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97943 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.899→50 Å / Num. all: 17267 / Num. obs: 17267 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 26.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.028 / R_sym value: 0.036 / Net I/σ(I): 12.25
反射シェル	解像度: 1.899→1.95 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.1028 / Mean I/σ(I) obs: 8.58 / Num. unique all: 1258 / R_sym value: 0.151 / % possible all: 97
反射	PLUS 最高解像度: 1.9 Å / % possible obs*: 99 %
反射シェル	PLUS 最高解像度: 1.9 Å / % possible obs: 97 % / R_merge(I) obs*: 0.103

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELXD		位相決定
REFMAC	5.1.24	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.899→48.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 3.615 / SU ML: 0.107 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic with TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22622	868	5 %	RANDOM
R_work	0.19011	-	-	-
all	0.231	17267	-	-
obs	0.19199	16398	99.48 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.064 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.33 Å²	0 Å²	0.01 Å²
2-	-	-0.99 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.899→48.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1757	0	0	131	1888

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	1790
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1674
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.456	1.953	2428
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.742	3	3867
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.426	5	224
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	274
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1987
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	362
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.238	0.3	360
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.269	0.3	1941
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.093	0.5	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.205	0.5	181
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.217	0.3	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.283	0.3	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.176	0.5	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.542	2	1131
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.718	4	1811
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.462	4	659
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.267	6	617

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1562 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
loose positional	0.67	5
loose thermal	2.18	10

LS精密化シェル

解像度: 1.899→1.948 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.28	59	-
R_work	0.211	1183	-
obs	-	1183	97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.622	-0.5	-0.7961	3.4583	-1.5492	3.0052	-0.0239	0.2241	-0.2117	-0.1977	0.0408	-0.0357	0.2369	0.0215	-0.0169	0.1616	-0.0007	0.0157	0.2002	-0.013	0.0198	17.07	1.323	14.974
2	3.9411	-0.3322	0.2111	0.9087	-0.3577	1.9296	0.0679	0.3217	0.0202	-0.0416	-0.0773	0.1289	0.0378	-0.0686	0.0095	0.1747	0.0101	0.0361	0.1796	0.0044	0.0075	-3.507	12.901	14.425

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 118	1 - 118
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	2 - 118	2 - 118

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 19.2 Å / % reflection R_free: 5 % / R_factor R_free: 0.226 / R_factor R_work: 0.19

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.014
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	2.8

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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