ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | 1.1 | 精密化 | MAR345 | | データ収集 | SCALEPACK | | データスケーリング | SOLVE | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 反復単波長異常分散 / 解像度: 2→27.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 462281.14 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.283 | 948 | 15.2 % | RANDOM |
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Rwork | 0.255 | - | - | - |
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all | 0.272 | 6783 | - | - |
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obs | 0.255 | 6230 | 87.7 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.3123 Å2 / ksol: 0.349568 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 37.1 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 2.05 Å2 | 3.91 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 2.05 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -4.1 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.36 Å | 0.31 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.35 Å | 0.27 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→27.72 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 314 | 0 | 3 | 61 | 378 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.006 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.3 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d20.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.99 | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.039 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.4 | 104 | 12.9 % |
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Rwork | 0.306 | 704 | - |
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obs | - | - | 68.6 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | DNA-RNA_REP.PARAM | DNA-RNA.TOP | X-RAY DIFFRACTION | 3 | WATER_REP.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION | 4 | ION.PARAMION.TOP | | | | | |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg20.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.99 | | | | |
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