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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1q85 | ||||||
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タイトル | Cobalamin-dependent methionine synthase (1-566) from Thermotoga maritima (Cd2+ complex, Se-Met) | ||||||
![]() | 5-methyltetrahydrofolate S-homocysteine methyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / homocysteine / methionine / folate / cobalamin / vitamin b12 | ||||||
機能・相同性 | ![]() methionine synthase / methionine synthase activity / homocysteine metabolic process / methionine biosynthetic process / cobalamin binding / tetrahydrofolate metabolic process / methylation / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Evans, J.C. / Huddler, D.P. / Hilgers, M.T. / Romanchuk, G. / Matthews, R.G. / Ludwig, M.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of the N-terminal modules imply large domain motions during catalysis by methionine synthase. 著者: Evans, J.C. / Huddler, D.P. / Hilgers, M.T. / Romanchuk, G. / Matthews, R.G. / Ludwig, M.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 222.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 186.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64102.102 Da / 分子数: 2 / 断片: MetH_Tm (residues 1-566) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pET29a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.96 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.7 詳細: propylene glycol, glycerol, PEG 8000, citrate, 1,2,3-heptanetriol, cadmium, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. all: 84956 / Num. obs: 77783 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.09 Å / % possible all: 85.4 |
反射 | *PLUS Num. obs: 87460 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.058 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.3 % / Rmerge(I) obs: 0.209 / Mean I/σ(I) obs: 8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.28 / Rfactor Rwork: 0.242 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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