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- PDB-1q6w: X-Ray structure of Monoamine oxidase regulatory protein from Arch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q6w
タイトルX-Ray structure of Monoamine oxidase regulatory protein from Archaeoglobus fulgius
要素monoamine oxidase regulatory protein, putative
キーワードOXIDOREDUCTASE / STRUCTURAL GENOMICS / NYSGXRC T805 / Hot dog fold / originally observed for the beta-hydroxydecanoyl thiol ester dehydrase / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性MaoC-like dehydratase domain / MaoC like domain / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta / Monoamine oxidase regulatory protein, putative
機能・相同性情報
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Thirumuruhan, R. / Almo, S.C. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray structure of monoamine oxidase regulatory protein from Archaeoglobus fulgidus
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Thirumuruhan, R. / Almo, S.C.
履歴
登録2003年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: monoamine oxidase regulatory protein, putative
B: monoamine oxidase regulatory protein, putative
C: monoamine oxidase regulatory protein, putative
D: monoamine oxidase regulatory protein, putative
E: monoamine oxidase regulatory protein, putative
F: monoamine oxidase regulatory protein, putative
G: monoamine oxidase regulatory protein, putative
H: monoamine oxidase regulatory protein, putative
I: monoamine oxidase regulatory protein, putative
J: monoamine oxidase regulatory protein, putative
K: monoamine oxidase regulatory protein, putative
L: monoamine oxidase regulatory protein, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,39812
ポリマ－218,39812
非ポリマー00
水00
1
A: monoamine oxidase regulatory protein, putative
B: monoamine oxidase regulatory protein, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4002
ポリマ－36,4002
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2880 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area14650 Å2
手法PISA
2
C: monoamine oxidase regulatory protein, putative
D: monoamine oxidase regulatory protein, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4002
ポリマ－36,4002
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area14840 Å2
手法PISA
3
E: monoamine oxidase regulatory protein, putative
F: monoamine oxidase regulatory protein, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4002
ポリマ－36,4002
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2920 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area14540 Å2
手法PISA
4
G: monoamine oxidase regulatory protein, putative
H: monoamine oxidase regulatory protein, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4002
ポリマ－36,4002
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2970 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area14250 Å2
手法PISA
5
I: monoamine oxidase regulatory protein, putative
J: monoamine oxidase regulatory protein, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4002
ポリマ－36,4002
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area14200 Å2
手法PISA
6
K: monoamine oxidase regulatory protein, putative
L: monoamine oxidase regulatory protein, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4002
ポリマ－36,4002
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area14340 Å2
手法PISA
7
A: monoamine oxidase regulatory protein, putative
B: monoamine oxidase regulatory protein, putative
C: monoamine oxidase regulatory protein, putative
D: monoamine oxidase regulatory protein, putative
E: monoamine oxidase regulatory protein, putative
F: monoamine oxidase regulatory protein, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,1996
ポリマ－109,1996
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17730 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area35050 Å2
手法PISA
8
G: monoamine oxidase regulatory protein, putative
H: monoamine oxidase regulatory protein, putative
I: monoamine oxidase regulatory protein, putative
J: monoamine oxidase regulatory protein, putative
K: monoamine oxidase regulatory protein, putative
L: monoamine oxidase regulatory protein, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,1996
ポリマ－109,1996
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17150 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area34470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.744, 136.503, 127.426
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The biological assembly probably is a dimer with two fold axis between monomers

-
要素

#1: タンパク質
monoamine oxidase regulatory protein, putative


分子量: 18199.801 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: DSM 4304 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O28346

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.49 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 550,BisTris, calcium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.98, 0.97934, 0.97911, 0.97166
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月24日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.981
20.979341
30.979111
40.971661
反射解像度: 2.81→20 Å / Num. all: 53030 / Num. obs: 53030 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 28.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.173 / Mean I/σ(I) obs: 8.2 / % possible all: 89.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.81→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The 6 biological units AB, CD, EF, GH, IJ and KL can be considered as two almost identical hexamers ABCDEF and GHIJKL. First hexamer ABCDEF is well defined in the electron density map while ...詳細: The 6 biological units AB, CD, EF, GH, IJ and KL can be considered as two almost identical hexamers ABCDEF and GHIJKL. First hexamer ABCDEF is well defined in the electron density map while the second hexamer GHIJKL is partially disordered.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 2688 4.9 %RANDOM
Rwork0.242 ---
all0.249 53030 --
obs0.249 53030 95.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.7401 Å2 / ksol: 0.313815 e/Å3
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.81→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14224 0 0 0 14224
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.31
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 2.81→2.9 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 -4.1 %
Rwork0.33 4103 -
obs--81 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: protein_rep.param / Topol file: protein.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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