ソフトウェア 名称 バージョン 分類 CNS1 精密化 SAINTデータ削減 SAINTデータスケーリング CNS位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換 / 解像度 : 2→14.98 Å / Rfactor Rfree error : 0.003 / Data cutoff high absF : 504325.42 / Data cutoff low absF : 0 / Isotropic thermal model : RESTRAINED / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 Rfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.215 3845 10.1 % RANDOM Rwork 0.177 - - - obs 0.177 38091 88.5 % -
溶媒の処理 溶媒モデル : FLAT MODEL / Bsol : 53.1948 Å2 / ksol : 0.342373 e/Å3 原子変位パラメータ Biso mean : 22.4 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 3.61 Å2 4.51 Å2 0 Å2 2- - 3.61 Å2 0 Å2 3- - - -7.23 Å2
Refine analyze Free Obs Luzzati coordinate error 0.25 Å 0.21 Å Luzzati d res low - 5 Å Luzzati sigma a 0.24 Å 0.22 Å
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2→14.98 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 3967 0 91 288 4346
拘束条件 大きな表を表示 (4 x 19) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target X-RAY DIFFRACTION c_bond_d0.006 X-RAY DIFFRACTION c_bond_d_naX-RAY DIFFRACTION c_bond_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1.3 X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_protX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d22.4 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d0.79 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_mcbond_it1.2 1.5 X-RAY DIFFRACTION c_mcangle_it1.78 2 X-RAY DIFFRACTION c_scbond_it2.24 2 X-RAY DIFFRACTION c_scangle_it3.27 2.5
LS精密化 シェル 解像度 : 2→2.12 Å / Rfactor Rfree error : 0.013 / Total num. of bins used : 6 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.289 522 9.7 % Rwork 0.267 4836 - obs - - 76.1 %
Xplor file Refine-ID Serial no Param file Topol file X-RAY DIFFRACTION 1 PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION 2 WATER_REP.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION 3 CARBOHYDRATE.PARAMCARBOHYDRATE.TOPX-RAY DIFFRACTION 4 ION.PARAMION.TOPX-RAY DIFFRACTION 5 CIS_PEPTIDE.PARAM
精密化 *PLUS
最高解像度 : 2 Å / 最低解像度 : 15 Å / Rfactor Rfree : 0.216 / Rfactor Rwork : 0.178 溶媒の処理 *PLUS
原子変位パラメータ *PLUS
拘束条件 *PLUS
Refine-ID タイプ Dev ideal X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1.26 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_deg22.4 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_deg0.79
LS精密化 シェル *PLUS
最低解像度 : 2.07 Å / Rfactor Rfree : 0.317 / Rfactor Rwork : 0.282 / Num. reflection Rwork : 3176