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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1q5x | ||||||
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タイトル | Structure of OF RRAA (MENG), a protein inhibitor of RNA processing | ||||||
![]() | REGULATOR OF RNASE E ACTIVITY A | ||||||
![]() | hydrolase inhibitor / 3-LAYER SANDWICH / ALPHA-BETA STRUCTURE / PARALLEL BETA SHEET / ANTIPARALLEL BETA SHEET | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of RNA catabolic process / 4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate aldolase activity / ribonuclease inhibitor activity / oxaloacetate decarboxylase activity / protein homotrimerization / endoribonuclease inhibitor activity / enzyme binding / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Monzingo, A.F. / Gao, J. / Qiu, J. / Georgiou, G. / Robertus, J.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The X-ray Structure of Escherichia coli RraA (MenG), A Protein Inhibitor of RNA Processing. 著者: Monzingo, A.F. / Gao, J. / Qiu, J. / Georgiou, G. / Robertus, J.D. #1: ![]() タイトル: RraA: a protein inhibitor of RNase E activity that globally modulates RNA abundance in E. coli. 著者: LEE, K. / ZHAN, X. / GAO, J. / QIU, J. / FANG, Y. / MEGANATHAN, R. / COHEN, S.N. / GEORGIOU, G. | ||||||
履歴 |
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Remark 400 | COMPOUND THE AUTHOR MAINTAINS THAT THIS PROTEIN HAS BEEN MISANNOTATED IN THE SWISSPROT DATABASE. ...COMPOUND THE AUTHOR MAINTAINS THAT THIS PROTEIN HAS BEEN MISANNOTATED IN THE SWISSPROT DATABASE. THERE IS NO BIOCHEMICAL EVIDENCE THAT THE MENG GENE PRODUCT IS AN S-ADENOSYLMETHIONINE:2-DEMETHYLMENAQUINONE METHYLTRANSFERASE. HOWEVER, THERE IS NOW BIOCHEMICAL EVIDENCE SHOWING THAT THE PROTEIN BINDS RNASE E AND INHIBITS ITS ACTIVITY AS DISCUSSED IN REFERENCE 1. | ||||||
Remark 700 | SHEET SHEET RECORDS IN THIS FILE WERE PROVIDED BY THE AUTHOR |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 102.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 79.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 437.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 445.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | THE BIOLOGICAL UNIT IS THE HOMOTRIMER CONTAINED IN THE ASYMMETRIC UNIT |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17371.264 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.11 % | ||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: AMMONIUM PHOSPHATE, SODIUM CITRATE, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年7月9日 |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE FOCUSSING MIRRORS (NI & PT) + NI FILTER プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. all: 28089 / Num. obs: 28089 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 13.4 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.328 / % possible all: 71.8 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / 冗長度: 2.9 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 71.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.27 / Rfactor Rwork: 0.23 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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