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- PDB-1q5q: The Rhodococcus 20S proteasome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q5q
タイトルThe Rhodococcus 20S proteasome
要素
  • proteasome alpha-type subunit 1
  • proteasome beta-type subunit 1
キーワードHYDROLASE / proteasome assembly / pro-peptide / inter-subunit contacts / Rhodococcus erythropolis
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasomal protein catabolic process / modification-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proteasome, alpha subunit, bacterial / Proteasome subunit beta, actinobacteria / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / Proteasome subunit ...Proteasome, alpha subunit, bacterial / Proteasome subunit beta, actinobacteria / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Proteasome subunit beta 1 / Proteasome subunit alpha 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus erythropolis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kwon, Y.D. / Nagy, I. / Adams, P.D. / Baumeister, W. / Jap, B.K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal structures of the Rhodococcus proteasome with and without its pro-peptides: implications for the role of the pro-peptide in proteasome assembly.
著者: Kwon, Y.D. / Nagy, I. / Adams, P.D. / Baumeister, W. / Jap, B.K.
履歴
登録2003年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: proteasome alpha-type subunit 1
B: proteasome alpha-type subunit 1
C: proteasome alpha-type subunit 1
D: proteasome alpha-type subunit 1
E: proteasome alpha-type subunit 1
F: proteasome alpha-type subunit 1
G: proteasome alpha-type subunit 1
H: proteasome beta-type subunit 1
I: proteasome beta-type subunit 1
J: proteasome beta-type subunit 1
K: proteasome beta-type subunit 1
L: proteasome beta-type subunit 1
M: proteasome beta-type subunit 1
N: proteasome beta-type subunit 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)373,32114
ポリマ－373,32114
非ポリマー00
水3,009167
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: proteasome alpha-type subunit 1
B: proteasome alpha-type subunit 1
C: proteasome alpha-type subunit 1
D: proteasome alpha-type subunit 1
E: proteasome alpha-type subunit 1
F: proteasome alpha-type subunit 1
G: proteasome alpha-type subunit 1
H: proteasome beta-type subunit 1
I: proteasome beta-type subunit 1
J: proteasome beta-type subunit 1
K: proteasome beta-type subunit 1
L: proteasome beta-type subunit 1
M: proteasome beta-type subunit 1
N: proteasome beta-type subunit 1

A: proteasome alpha-type subunit 1
B: proteasome alpha-type subunit 1
C: proteasome alpha-type subunit 1
D: proteasome alpha-type subunit 1
E: proteasome alpha-type subunit 1
F: proteasome alpha-type subunit 1
G: proteasome alpha-type subunit 1
H: proteasome beta-type subunit 1
I: proteasome beta-type subunit 1
J: proteasome beta-type subunit 1
K: proteasome beta-type subunit 1
L: proteasome beta-type subunit 1
M: proteasome beta-type subunit 1
N: proteasome beta-type subunit 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)746,64228
ポリマ－746,64228
非ポリマー00
水50428
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_756-x+2,y,-z+3/21
Buried area75580 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area231590 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)150.112, 215.307, 251.051
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
proteasome alpha-type subunit 1


分子量: 28346.840 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus erythropolis (バクテリア)
株: BL21 / 遺伝子: PRCA(1) / プラスミド: pT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53080, proteasome endopeptidase complex
#2: タンパク質
proteasome beta-type subunit 1


分子量: 24984.766 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus erythropolis (バクテリア)
株: BL21 / 遺伝子: PRCB(1) / プラスミド: pT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53079
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 14% PEG 6000, 50mM sodium citrate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
18 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1droppH7.0
314 %(w/v)PEG60001reservoir
450 mMsodium citrate1reservoirpH5.4

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 114039 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 42.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074
反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / % possible obs: 91.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1PMA

1pma


解像度: 2.6→19.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 183405.38 / Data cutoff high rms absF: 183405.38 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 11414 10 %RANDOM
Rwork0.246 ---
obs0.246 113989 91.7 %-
all-124455 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 23.7308 Å2 / ksol: 0.312508 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.38 Å20 Å20 Å2
2--2.48 Å20 Å2
3----7.86 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.46 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23539 0 0 167 23706
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.241.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.162
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.812
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.882.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 1499 9.8 %
Rwork0.319 13768 -
obs--74.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 113987
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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