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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1q4u | ||||||
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タイトル | Crystal structure of 4-hydroxybenzoyl CoA thioesterase from arthrobacter sp. strain SU complexed with 4-hydroxybenzyl CoA | ||||||
![]() | Thioesterase | ||||||
![]() | HYDROLASE / thioesterase / hot-dog | ||||||
機能・相同性 | ![]() 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase / 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase activity / 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA thioesterase activity / phylloquinone biosynthetic process / menaquinone biosynthetic process / peroxisome / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Thoden, J.B. / Zhuang, Z. / Dunaway-Mariano, D. / Holden, H.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Structure of 4-Hydroxybenzoyl-CoA Thioesterase from Arthrobacter sp. strain SU 著者: Thoden, J.B. / Zhuang, Z. / Dunaway-Mariano, D. / Holden, H.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 57.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | homotetramer; The tetramer is generated from the crystallographically independent dimer by rotation about the crystallographic 2-fold axis |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16416.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.77 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG-3400, MOPS, LiCl, KCl, 4-hydroxybenzyl CoA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2002年5月30日 / 詳細: goebel optics |
放射 | モノクロメーター: goebel optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 57216 / Num. obs: 57216 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 39.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 5007 / Rsym value: 0.296 / % possible all: 86.3 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.041 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 86.3 % / Num. unique obs: 5007 / Rmerge(I) obs: 0.296 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1Q4T 解像度: 1.6→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→30 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 51034 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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