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万見
- PDB-1q4u: Crystal structure of 4-hydroxybenzoyl CoA thioesterase from arthr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q4u
タイトルCrystal structure of 4-hydroxybenzoyl CoA thioesterase from arthrobacter sp. strain SU complexed with 4-hydroxybenzyl CoA
要素Thioesterase
キーワードHYDROLASE / thioesterase / hot-dog
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase / 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase activity / 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA thioesterase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phenylacetic acid degradation-related domain / Thioesterase domain / Thioesterase superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-HYDROXYBENZYL COENZYME A / 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Arthrobacter sp. (バクテリア)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Thoden, J.B. / Zhuang, Z. / Dunaway-Mariano, D. / Holden, H.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: The Structure of 4-Hydroxybenzoyl-CoA Thioesterase from Arthrobacter sp. strain SU
著者: Thoden, J.B. / Zhuang, Z. / Dunaway-Mariano, D. / Holden, H.M.
履歴
登録2003年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioesterase
B: Thioesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6425
ポリマ－32,8332
非ポリマー1,8093
水5,423301
1
A: Thioesterase
B: Thioesterase
ヘテロ分子

A: Thioesterase
B: Thioesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,28410
ポリマ－65,6664
非ポリマー3,6196
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z+2/31
Buried area16240 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area18950 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)112.900, 112.900, 60.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細homotetramer; The tetramer is generated from the crystallographically independent dimer by rotation about the crystallographic 2-fold axis

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要素

#1: タンパク質 Thioesterase / FCBC2 / 4-chlorobenzoate thioesterase


分子量: 16416.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Arthrobacter sp. (バクテリア) / 株: SU / 遺伝子: FCBC / プラスミド: pET23b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04416, 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase
#2: 化合物 ChemComp-4CA / 4-HYDROXYBENZYL COENZYME A


分子量: 873.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H42N7O17P3S
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG-3400, MOPS, LiCl, KCl, 4-hydroxybenzyl CoA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
118 mg/mlprotein1drop
210 mMHEPES1droppH7.5
3150 mM1dropKCl
41 mM1,4-dithio-D,L-threitol1drop
517-20 %PEG34001reservoir
6100 mMMOPS1reservoirpH7.0
7200 mM1reservoirLiCl

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2002年5月30日 / 詳細: goebel optics
放射モノクロメーター: goebel optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 57216 / Num. obs: 57216 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 39.1
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 5007 / Rsym value: 0.296 / % possible all: 86.3
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.041
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 86.3 % / Num. unique obs: 5007 / Rmerge(I) obs: 0.296 / Mean I/σ(I) obs: 2.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
FRAMBOデータ収集
SAINTデータ削減
TNT精密化
SAINTデータスケーリング
TNT位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 1Q4T

1q4t


解像度: 1.6→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 5707 -RANDOM
Rwork0.173 ---
obs0.175 57011 97.6 %-
all-57011 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2125 0 116 301 2542
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.36
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 51034
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg17.2
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.013

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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