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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1q4s | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Arthrobacter sp. strain SU 4-hydroxybenzoyl CoA thioesterase complexed with CoA and 4-hydroxybenzoic acid | ||||||
要素 | Thioesterase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / thioesterase / hot-dog | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase / 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase activity / 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA thioesterase activity / phylloquinone biosynthetic process / menaquinone biosynthetic process / peroxisome / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arthrobacter sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Thoden, J.B. / Zhuang, Z. / Dunaway-Mariano, D. / Holden, H.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: The Structure of 4-Hydroxybenzoyl-CoA Thioesterase from Arthrobacter sp. strain SU 著者: Thoden, J.B. / Zhuang, Z. / Dunaway-Mariano, D. / Holden, H.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1q4s.cif.gz | 75.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1q4s.ent.gz | 56.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1q4s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1q4s_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1q4s_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1q4s_validation.xml.gz | 17.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1q4s_validation.cif.gz | 24.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/1q4s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/1q4s | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | homotetramer. The tetramer is generated by expanding the crystallographic independent dimer around the crystallographic 2-fold axis. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16416.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Arthrobacter sp. (バクテリア) / 株: SU / 遺伝子: FCBC / プラスミド: pET23b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04416, 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.59 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG-3400, MOPS, LiCl, KCl, 4-hydroxybenzoyl CoA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2002年5月20日 / 詳細: goebel mirrors |
放射 | モノクロメーター: goebel optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→30 Å / Num. all: 30625 / Num. obs: 30625 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 24.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.04 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 3403 / Rsym value: 0.22 / % possible all: 83.4 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.051 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 83.4 % / Num. unique obs: 3403 / Rmerge(I) obs: 0.22 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→30 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 27534 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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