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- PDB-1q3e: HCN2J 443-645 in the presence of cGMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q3e
タイトルHCN2J 443-645 in the presence of cGMP
要素Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / CNBD / C-LINKER / PACEMAKER / HCN / CHANNEL / CYCLIC NUCLEOTIDE / CAP / PKA / cGMP / ION CHANNEL / LIGAND
機能・相同性
機能・相同性情報


HCN channels / cellular response to aldosterone / HCN channel complex / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / ammonium transmembrane transport / cellular response to cGMP / sodium ion import across plasma membrane / voltage-gated sodium channel activity / potassium ion import across plasma membrane / voltage-gated potassium channel activity ...HCN channels / cellular response to aldosterone / HCN channel complex / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / ammonium transmembrane transport / cellular response to cGMP / sodium ion import across plasma membrane / voltage-gated sodium channel activity / potassium ion import across plasma membrane / voltage-gated potassium channel activity / cAMP binding / potassium ion transmembrane transport / dendrite membrane / cellular response to cAMP / dendritic shaft / regulation of membrane potential / PDZ domain binding / molecular adaptor activity / response to xenobiotic stimulus / axon / neuronal cell body / protein-containing complex binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Helix hairpin bin / Ion transport N-terminal / Ion transport protein N-terminal / : / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. ...Helix hairpin bin / Ion transport N-terminal / Ion transport protein N-terminal / : / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Ion transport domain / Ion transport protein / Helix Hairpins / Jelly Rolls / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE / Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zagotta, W.N. / Olivier, N.B. / Black, K.D. / Young, E.C. / Olson, R. / Gouaux, J.E.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2003
タイトル: Structural basis for modulation and agonist specificity of HCN pacemaker channels
著者: Zagotta, W.N. / Olivier, N.B. / Black, K.D. / Young, E.C. / Olson, R. / Gouaux, J.E.
履歴
登録2003年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
B: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0764
ポリマ－48,3862
非ポリマー6902
水5,945330
1
A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子

A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子

A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子

A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,1528
ポリマ－96,7714
非ポリマー1,3814
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area11310 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area35600 Å2
手法PISA
2
B: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子

B: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子

B: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子

B: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,1528
ポリマ－96,7714
非ポリマー1,3814
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area11280 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area34510 Å2
手法PISA
3
A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
B: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子

A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
B: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子

A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
B: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子

A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
B: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,30416
ポリマ－193,5428
非ポリマー2,7628
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area27140 Å2
ΔGint-148 kcal/mol
Surface area65560 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)94.236, 94.236, 124.008
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
詳細The biological assembly is a tetramer generated from the one protmer. There are two distinct protomers in the asymmetric unit labeled A & B. Each protomer associates with its like to form the tetramer. To generate the tetramer apply the following symmetry operations to the asymmetric unit: 1-y,x,z and y,1-x,z and 1-x,1-y,z

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要素

#1: タンパク質 Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2 / Brain cyclic nucleotide gated channel 2 / BCNG-2 / Hyperpolarization-activated cation channel 1 / HAC-1


分子量: 24192.781 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 443-645 (Reference sequence numbering) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: HCN2 OR BCNG2 OR HAC1 / 器官: brain / プラスミド: pETGQ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3) / 参照: UniProt: O88703
#2: 化合物 ChemComp-PCG / CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE / cGMP


分子量: 345.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O7P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.75 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG 400, sodium citrate, sodium chloride, DTT, HEPES, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
1200 mM1reservoirNaCl
2100 mMcitrate1reservoirpH4.6
315 %PEG4001reservoir
42.3 mg/mlprotein1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月19日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→29.35 Å / Num. all: 41314 / Num. obs: 41314 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 35.3 % / Biso Wilson estimate: 16.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 31.1
反射 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rmerge(I) obs: 0.242 / % possible all: 85
反射
*PLUS

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→29.35 Å
Isotropic thermal model: overall b-value correction. B-factor correction applied to coordinate array B: -0.640
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Model of ligand omitted until R-work below 30%.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2391 4164 -random
Rwork0.2099 ---
all-41314 --
obs-41314 97.2 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.667 Å20 Å20 Å2
2--2.667 Å20 Å2
3----5.34 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3011 0 46 330 3387
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006486
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.19396
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.77128
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.77036
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.8892
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.251.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1882
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.1042.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.011
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 619 -
Rwork0.242 --
obs-5393 85 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2DRGCNS.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3water.param
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Rfactor Rfree: 0.239 / Rfactor Rwork: 0.209
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.23
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.77128
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.77036

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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