PDB-1q2k: Solution structure of BmBKTx1 a new potassium channel blocker fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1q2k

タイトル

Solution structure of BmBKTx1 a new potassium channel blocker from the Chinese Scorpion Buthus martensi Karsch

要素

Neurotoxin BmK37

キーワード

TOXIN / Alpha-helix / Beta-sheet

機能・相同性

Scorpion short toxins signature. / Scorpion short chain toxin, potassium channel inhibitor / Scorpion short toxin, BmKK2 / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / ion channel inhibitor activity / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Potassium channel toxin alpha-KTx 19.1

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / simulated annealing, energy minimization

Model type details

minimized average

データ登録者

Cai, Z. / Xu, C. / Xu, Y. / Lu, W. / Chi, C.W. / Shi, Y. / Wu, J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Solution Structure of BmBKTx1, a New BK(Ca)(1) Channel Blocker from the Chinese Scorpion Buthus martensi Karsch(,).
著者: Cai, Z. / Xu, C. / Xu, Y. / Lu, W. / Chi, C.W. / Shi, Y. / Wu, J.

履歴

登録	2003年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2003年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年10月9日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1q2k.cif.gz	188.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1q2k.ent.gz	157.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1q2k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/1q2k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/1q2k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2knp-d 2ck5-d 3lvx-2 2lu9-d 6sab-d 1htx-d 6y14-d 2mso-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (4) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Neurotoxin BmK37

3.35 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	21 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	minimized average structure

#1: タンパク質・ペプチド	Neurotoxin BmK37 / BmBKTx1 分子量: 3348.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: solid phase peptide synthesis / 参照: UniProt: P83407
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	DQF-COSY
2	4	2	2D TOCSY

NMR実験の詳細

Text: the structures are based on a total of 322 restraints, 287 are NOE-derived distance constraints, 21 dihedral angle restraints, 14 distance restraints from hydrogen bonds

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	3mM BmBKTx1, 0.45ml of 90% H2O, 10% D2O (v/v); pH 5.0	0.45ml of 90% H2O, 10% D2O (v/v)
2	3mM BmBKTx1, 99.96% D2O	99.96% D2O

試料状態

Conditions-ID	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	5	1 atm	300 K
2	5	1 atm	292 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS	1		構造決定
XEASY	3.2	Wuthrich, K	データ解析
DIANA	2.8	Peter Guntert	データ解析
CNS	1		精密化

精密化

手法: simulated annealing, energy minimization / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: minimized average structure

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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