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- PDB-1q1z: Crystal structure of human cholesterol sulfotransferase (SULT2B1b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q1z
タイトルCrystal structure of human cholesterol sulfotransferase (SULT2B1b) in the presence of PAP
要素sulfotransferase family, cytosolic, 2B, member 1 isoform b
キーワードTRANSFERASE / sulfotransferase / SULT2B1 / PAP
機能・相同性
機能・相同性情報


cholesterol sulfotransferase activity / alcohol sulfotransferase / steroid sulfotransferase activity / Cytosolic sulfonation of small molecules / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / sulfation / steroid hormone binding / cholesterol binding / positive regulation of epidermal cell differentiation / steroid metabolic process ...cholesterol sulfotransferase activity / alcohol sulfotransferase / steroid sulfotransferase activity / Cytosolic sulfonation of small molecules / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / sulfation / steroid hormone binding / cholesterol binding / positive regulation of epidermal cell differentiation / steroid metabolic process / small molecule binding / cholesterol metabolic process / nucleic acid binding / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum / extracellular exosome / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sulfotransferase domain / Sulfotransferase domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / Sulfotransferase 2B1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Lee, K.A. / Fuda, H. / Lee, Y.C. / Negishi, M. / Strott, C.A. / Pedersen, L.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of human cholesterol sulfotransferase (SULT2B1b) in the presence of pregnenolone and 3'-phosphoadenosine 5'-phosphate. Rationale for specificity differences between ...タイトル: Crystal structure of human cholesterol sulfotransferase (SULT2B1b) in the presence of pregnenolone and 3'-phosphoadenosine 5'-phosphate. Rationale for specificity differences between prototypical SULT2A1 and the SULT2BG1 isoforms.
著者: Lee, K.A. / Fuda, H. / Lee, Y.C. / Negishi, M. / Strott, C.A. / Pedersen, L.C.
履歴
登録2003年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 350BIOLOGICAL UNIT UNKNOWN

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: sulfotransferase family, cytosolic, 2B, member 1 isoform b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6073
ポリマ－34,1571
非ポリマー4502
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.701, 75.701, 252.744
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細not known

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要素

#1: タンパク質 sulfotransferase family, cytosolic, 2B, member 1 isoform b / SULT2B1B


分子量: 34157.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SULT2B1 / プラスミド: PGEX-4T3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: O00204
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′,5′-ビスりん酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: sodium citrate and imidizole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
115 mg/mlprotein1drop
225 mMTris1droppH7.5
3100 mM1dropNaCl
40.8-1.0 Msodium tartrate1reservoir
50.2 M1reservoirLi2SO4
60.1 MCHES1reservoirpH9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年6月12日 / 詳細: MSC blue mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 26998 / Num. obs: 26998 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 39.6 Å2 / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 25.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2276 / Rsym value: 0.375 / % possible all: 78.2
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 71042 / Rmerge(I) obs: 0.113
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 78.2 % / Rmerge(I) obs: 0.375 / Mean I/σ(I) obs: 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SULT2B1b with PAP and pregnenolone bound, PDB entry 1Q20

1q20


解像度: 2.4→24.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 1205 4.9 %RANDOM
Rwork0.217 ---
all0.218 25946 --
obs0.217 24741 83 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 30.6952 Å2 / ksol: 0.306926 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 51.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.33 Å20 Å20 Å2
2--3.33 Å20 Å2
3----6.66 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.41 Å0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→24.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2265 0 28 78 2371
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.161.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.952
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.752
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.642.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 138 4.5 %
Rwork0.318 2945 -
obs--63.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2PAP.PARWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMPAP.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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