[日本語] English
万見
- PDB-1q1v: Structure of the Oncoprotein DEK: a putative DNA-binding Domain R... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q1v
タイトルStructure of the Oncoprotein DEK: a putative DNA-binding Domain Related to the Winged Helix Motif
要素DEK protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / WINGED-HELIX MOTIF
機能・相同性
機能・相同性情報


contractile muscle fiber / regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / Transcriptional regulation by the AP-2 (TFAP2) family of transcription factors / B-WICH complex / regulation of double-strand break repair / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / viral genome replication / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Transcriptional regulation of granulopoiesis ...contractile muscle fiber / regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / Transcriptional regulation by the AP-2 (TFAP2) family of transcription factors / B-WICH complex / regulation of double-strand break repair / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / viral genome replication / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Transcriptional regulation of granulopoiesis / histone binding / transcription by RNA polymerase II / chromatin remodeling / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Protein DEK / DEK C terminal domain / DEK, C-terminal / DEK C-terminal (DEK-C) domain profile. / SAP domain / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain / Homeodomain-like / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Devany, M. / Kotharu, N.P. / Matsuo, H.
引用ジャーナル: PROTEIN SCI. / 年: 2004
タイトル: Solution NMR structure of the C-terminal domain of the human protein DEK
著者: Devany, M. / Kotharu, N.P. / Matsuo, H.
履歴
登録2003年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DEK protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2661
ポリマ－8,2661
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 80STRUCTURES WITH THE LOWEST TOTAL ENERGY
代表モデルモデル #1

-
要素

#1: タンパク質 DEK protein


分子量: 8265.648 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 309-378 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: dek / プラスミド: pET28c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: P35659

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
1313D (H)CCH-TOCSY
NMR実験の詳細Text: DISTANCE RESTRAINTS COLLECTED FROM A NOESY SPECTRUM WITH 150MS MIXING TIME.

-
試料調製

詳細内容: 1.0MM DEK C-TERMINAL DOMAIN
試料状態イオン強度: 50mM NAPO4, 100mM KCL / pH: 6.75 / 圧: AMBIENT / 温度: 293 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

-
解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLORBRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURE BASED ON 1456 NON-REDUNDANT NOES, 33 HYDROGEN BOND RESTRAINTS DERIVED FROM DEUTERIUM EXCHANG EXPERIMENTS, AND 46 DIHEDRAL-ANGLE RESTRAINTS DERIVED FROM CA CHEMICAL SHIFTS.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: STRUCTURES WITH THE LOWEST TOTAL ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 10

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る