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万見
- PDB-1q1o: Solution Structure of the PB1 Domain of Cdc24p (Long Form) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q1o
タイトルSolution Structure of the PB1 Domain of Cdc24p (Long Form)
要素Cell division control protein 24
キーワードSIGNALING PROTEIN / PB1 domain / PCCR / PC motif / OPCA motif / yeast / cell polarity / protein-protein interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of pheromone-dependent signal transduction involved in conjugation with cellular fusion / chemotropism / Cdc24p-Far1p-Gbetagamma complex / septin ring organization / division septum / protein localization to cell cortex / response to pheromone triggering conjugation with cellular fusion / PAR polarity complex / pheromone-dependent signal transduction involved in conjugation with cellular fusion / cellular bud site selection ...regulation of pheromone-dependent signal transduction involved in conjugation with cellular fusion / chemotropism / Cdc24p-Far1p-Gbetagamma complex / septin ring organization / division septum / protein localization to cell cortex / response to pheromone triggering conjugation with cellular fusion / PAR polarity complex / pheromone-dependent signal transduction involved in conjugation with cellular fusion / cellular bud site selection / incipient cellular bud site / cellular bud tip / regulation of exit from mitosis / cellular bud neck / regulation of Rho protein signal transduction / mating projection tip / establishment of cell polarity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell cortex / intracellular signal transduction / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cdc24/Scd1, N-terminal / Rho guanine nucleotide exchange factor Cdc24/Scd1, PH domain / : / CDC24 Calponin / Pleckstrin homology domain / PB1 domain / PB1 domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / : ...Cdc24/Scd1, N-terminal / Rho guanine nucleotide exchange factor Cdc24/Scd1, PH domain / : / CDC24 Calponin / Pleckstrin homology domain / PB1 domain / PB1 domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / : / PB1 domain profile. / Calponin homology domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Ubiquitin-like (UB roll) / PH-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division control protein 24
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Yoshinaga, S. / Kohjima, M. / Ogura, K. / Yokochi, M. / Takeya, R. / Ito, T. / Sumimoto, H. / Inagaki, F.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2003
タイトル: The PB1 domain and the PC motif-containing region are structurally similar protein binding modules
著者: Yoshinaga, S. / Kohjima, M. / Ogura, K. / Yokochi, M. / Takeya, R. / Ito, T. / Sumimoto, H. / Inagaki, F.
履歴
登録2003年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division control protein 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2111
ポリマ－11,2111
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Cell division control protein 24 / Cdc24p / Calcium regulatory protein


分子量: 11211.426 Da / 分子数: 1 / 断片: PB1 Domain (Long Form) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: Cdc24p / プラスミド: pGEX6p-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P11433

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1223D 13C-separated NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM Cdc24p PB1 U-15N ,13C; 50mM potassium phosphate buffer; 150mM sodium chloride; 1mM sodium azide; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21mM Cdc24p PB1 U-15N, 13C; 50mM potassium phosphate buffer; 150mM sodium chloride; 1mM sodium azide; 100% D2O100% D2O
試料状態イオン強度: 50mM potassium phosphate buffer; 150mM sodium chloride
pH: 6.3 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS6001
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software
名称開発者分類
VNMRcollection
NMRPipe解析
Oliviaデータ解析
ARIAJ.P.Linge, S.I.O'Donoghue, M.Nilges精密化
ARIA構造決定
CNS構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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