ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | 1.1 | 精密化 | HKL-2000 | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | SOLVE | | 位相決定 | RESOLVE | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→24.63 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 534076.69 / Data cutoff high rms absF: 534076.69 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.246 | 6458 | 3.9 % | RANDOM |
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Rwork | 0.209 | - | - | - |
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obs | 0.209 | 164607 | 81.2 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 63.8403 Å2 / ksol: 0.360776 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 45.7 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 1.87 Å2 | 0 Å2 | -4.4 Å2 |
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2- | - | 8.78 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -10.65 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.3 Å | 0.25 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.33 Å | 0.27 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→24.63 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 10531 | 0 | 0 | 560 | 11091 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.006 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.2 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d22.1 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.73 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.4 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.28 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it2.03 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it3.08 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.05→2.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.298 | 808 | 4 % |
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Rwork | 0.281 | 19497 | - |
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obs | - | - | 60 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAMWATER.TOP | | | |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 4 % / Rfactor Rfree: 0.25 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg22.1 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.73 | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.12 Å |
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