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- PDB-1q1h: An extended winged helix domain in general transcription factor E... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q1h
タイトルAn extended winged helix domain in general transcription factor E/IIE alpha
要素Transcription Factor E
キーワードTRANSCRIPTION / TFE / TFIIE / transcription initiation / preinitiation complex / RNA polymerase II / transcription bubble / promoter melting / TFIIH
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription initiation at RNA polymerase II promoter / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcription factor TFE, archaea / Transcription initiation factor IIE subunit alpha, N-terminal / Transcription factor TFE/TFIIEalpha HTH domain / TFIIEalpha/SarR/Rpc3 HTH domain / Transcription factor E / TFIIE alpha subunit / TFE/IIEalpha-type HTH domain profile. / Transcription initiation factor IIE / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Transcription factor TFE, archaea / Transcription initiation factor IIE subunit alpha, N-terminal / Transcription factor TFE/TFIIEalpha HTH domain / TFIIEalpha/SarR/Rpc3 HTH domain / Transcription factor E / TFIIE alpha subunit / TFE/IIEalpha-type HTH domain profile. / Transcription initiation factor IIE / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor E
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Meinhart, A. / Blobel, J. / Cramer, P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: An Extended Winged Helix Domain in General Transcription Factor E/IIE alpha
著者: Meinhart, A. / Blobel, J. / Cramer, P.
履歴
登録2003年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription Factor E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0911
ポリマ－13,0911
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.1, 66.1, 92.7
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Cell settinghexagonal
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Transcription Factor E / TFE / TFIIE alpha subunit homolog / tfE


分子量: 13091.107 Da / 分子数: 1 / 断片: residue 1-110 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: tfE / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: Q980M5

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: TRIS-Cl, sodium acetate, PEG 1000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
150 mMHEPES1droppH7.5
2200 mM1dropNaCl
31 mMEDTA1drop
410000 nM1dropZnCl2
55 mMdithiothreitol1drop
615 mg/mlprotein1drop
7100 mMTris-Cl1reservoirpH8.5
8200 mM1reservoirNaOAc
930 %(w/v)PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. all: 3025 / Num. obs: 3025 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 20 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.077
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 3 Å / % possible obs: 100 % / Num. unique obs: 292 / Rmerge(I) obs: 0.285 / Mean I/σ(I) obs: 9.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.9→6.5 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.321 146 5.5 %RANDOM
Rwork0.315 ---
all0.339 2641 --
obs0.3151 2641 --
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.9 Å21.559 Å20 Å2
2---3.9 Å20 Å2
3---7.799 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→6.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数701 0 0 0 701
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.4442.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it33
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.8483
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.6563.5
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.33
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 6.5 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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