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- PDB-1q0b: Crystal structure of the motor protein KSP in complex with ADP an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q0b
タイトルCrystal structure of the motor protein KSP in complex with ADP and monastrol
要素Kinesin-like protein KIF11
キーワードCELL CYCLE / motor protein / monastrol
機能・相同性
機能・相同性情報


spindle elongation / regulation of mitotic centrosome separation / plus-end-directed microtubule motor activity / mitotic centrosome separation / Kinesins / spindle organization / microtubule motor activity / kinesin complex / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule-based movement ...spindle elongation / regulation of mitotic centrosome separation / plus-end-directed microtubule motor activity / mitotic centrosome separation / Kinesins / spindle organization / microtubule motor activity / kinesin complex / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule-based movement / mitotic spindle assembly / MHC class II antigen presentation / mitotic spindle organization / sperm end piece / spindle / spindle pole / mitotic spindle / mitotic cell cycle / sperm principal piece / sperm midpiece / microtubule binding / microtubule / ciliary basal body / cell division / protein kinase binding / protein-containing complex / ATP binding / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Kinesin-associated microtubule-binding domain / Kinesin-associated microtubule-binding / : / : / Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. ...Kinesin-associated microtubule-binding domain / Kinesin-associated microtubule-binding / : / : / Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-NAT / Kinesin-like protein KIF11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Yan, Y. / Sardana, V. / Xu, B. / Halczenko, W. / Homnick, C. / Buser, C.A. / Hartman, G.D. / Huber, H.E. / Kuo, L.C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Inhibition of a mitotic motor protein: where, how, and conformational consequences
著者: Yan, Y. / Sardana, V. / Xu, B. / Homnick, C. / Halczenko, W. / Buser, C.A. / Schaber, M. / Hartman, G.D. / Huber, H.E. / Kuo, L.C.
履歴
登録2003年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinesin-like protein KIF11
B: Kinesin-like protein KIF11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,3368
ポリマ－81,8492
非ポリマー1,4886
水9,008500
1
A: Kinesin-like protein KIF11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6684
ポリマ－40,9241
非ポリマー7443
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Kinesin-like protein KIF11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6684
ポリマ－40,9241
非ポリマー7443
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.3, 79.5, 159.2
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Kinesin-like protein KIF11 / Kinesin-related motor protein Eg5 / Kinesin-like spindle protein HKSP / Thyroid receptor ...Kinesin-related motor protein Eg5 / Kinesin-like spindle protein HKSP / Thyroid receptor interacting protein 5 / TRIP5 / Kinesin-like protein 1


分子量: 40924.387 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 2-368 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIF11 OR KNSL1 OR EG5 / プラスミド: pRSETa / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P52732
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-NAT / ETHYL 4-(3-HYDROXYPHENYL)-6-METHYL-2-THIOXO-1,2,3,4-TETRAHYDROPYRIMIDINE-5-CARBOXYLATE / MONASTROL


分子量: 292.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H16N2O3S / コメント: 阻害剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 500 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.07 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 3350, potassium phosphate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used macroseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
115 mg/mlprotein1drop
22 mM1dropMgCl2
31 mMTCEP1drop
41 mMATP1drop
584 mM1dropKCl
61 mMEGTA1drop
720 %(w/v)PEG33501reservoir
8150 mM1reservoirK2HPO4
9100 mMHEPES1reservoirpH7.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 71000 / Num. obs: 70259 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 26
反射 シェル解像度: 1.9→1.96 Å / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 97
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1II6

1ii6


解像度: 1.9→20 Å / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 7000 -random
Rwork0.219 ---
all0.22 70259 --
obs0.22 70259 99 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5229 0 96 500 5825
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.27
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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