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- PDB-1q01: Lebetin peptides, a new class of potent aggregation inhibitors -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q01
タイトルLebetin peptides, a new class of potent aggregation inhibitors
要素lebetin 2 isoform alpha
キーワードBLOOD CLOTTING / BETA-BULGED HAIRPAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


hormone activity / regulation of blood pressure / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Natriuretic peptide, brain type / Natriuretic peptide, conserved site / Atrial natriuretic peptide / Natriuretic peptides signature. / Natriuretic peptide / Natriuretic peptide
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Macrovipera lebetina (ヘビ)
手法溶液NMR / Diana, CNS, distance geometry, simulated annealing
データ登録者Mosbah, A. / Marrakchi, N. / Ganzalez, M.J. / Van Rietschoten, J. / Giralt, E. / El Ayeb, M. / Rochat, H. / Sabatier, J.M. / Darbon, H. / Mabrouk, K.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Lebetin peptides, a new class of potent aggregation inhibitors
著者: Mosbah, A. / Marrakchi, N. / Ganzalez, M.J. / Van Rietschoten, J. / Giralt, E. / El Ayeb, M. / Rochat, H. / Sabatier, J.M. / Darbon, H. / Mabrouk, K.
履歴
登録2003年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: lebetin 2 isoform alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,9541
ポリマ－3,9541
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)24 / 50back calculated data agree with experimental NOESY spectrum,structures with acceptable covalent geometry,structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy,target function
代表モデルモデル #1fewest violations, lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド lebetin 2 isoform alpha


分子量: 3954.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Macrovipera lebetina (ヘビ) / Secretion: venom / 参照: UniProt: Q7LZ09
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111DQF-COSY
1212D TOCSY
1312D NOESY
241DQF-COSY
2512D TOCSY
2612D NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
190% H2O, 10% D2O
290% H2O, 10% D2O
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
13ambient 280 K
23ambient 283 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称分類
XwinNMRcollection
XwinNMR解析
XEASYデータ解析
DIANA構造決定
CNS精密化
精密化手法: Diana, CNS, distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations, lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum,structures with acceptable covalent geometry,structures with favorable non-bond energy,structures ...コンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum,structures with acceptable covalent geometry,structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy,target function
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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